تحصيلات
آيت اللّه حاج شيخ جعفر سبحانى، پس از فراغت از تحصيلات ابتدايى، در مكتبخانه مرحوم ميرزا محمود فاضل (4) (فرزند فاضل مراغى از شاگردان شيخ اعظم انصارى) به فراگيرى متون ادب پارسى پرداخت و كتابهايى مانند: گلستان، بوستان، تاريخ معجم، نصاب الصبيان، ابواب الجنان و غيره را فراگرفت .سپس در 14 سالگى (1361ق) رهسپار مدرسه علميه طالبيه تبريز گرديد و به آموختن مقدمات علوم و سطوح پرداخت. علوم ادبى را نزد مرحومان: حاج شيخ حسن نحوى و شيخ على اكبر نحوى، و بخشى از مطول، منطق منظومه و شرح لمعه را در محضر علاّمه بزرگوار ميرزا محمد على مدرس خيابانى صاحب ريحانة الأدب (م1373ق) (5) بياموخت و اين همه پنج سال (تا 1365ق) به طول انجاميد.
استاد سبحانى، در آن زمان سخت مشغول تعليم وتعلم (دروس مقدمات) و مباحثه و تأيف بود. يادگار قلمى ايشان از آن زمان (با اينكه نوجوانى 17 ساله بود) دوكتاب است كه هم اينك موجود مى باشد:
1.معيار الفكر (در منطق);
2.مهذب البلاغة(در علم معانى، بيان و بديع).(6)

مهاجرت به حوزه علميه قم
دگرگونى در آذربايجان و ظهور فرقه دمكرات به رهبرى پيشهور و غلام يحيى(در شهريور 1325ش) و تشكيل حكومت وابسته به شوروى، عرصه را براى تحصيل تنگ كرد و به همين جهت، استاد لازم ديد محيط تحصيل را عوض كرده و رهسپار حوزه علميه قم گردد. لذا در مهرماه 1325 شمسى وارد قم شد و به تكميل سطوح، همت گماشت. باقيمانده فرائد الاُصول (7) را نزد مرحوم آيت اللّه حاج ميرزا محمد مجاهدى تبريزى (1327ـ 1379ق) و آيت اللّه حاج ميرزا احمد كافى (1318ـ1412ق) آموخت و كفاية الاُصول را هم نزد مرحوم آيت اللّه العظمى گلپايگانى (م1414ق) بياموخت.

اساتيد
آيت اللّه سبحانى پس از تكميل سطوح عاليه در 1369ق، به درسهاى خارج فقه و اصول راه يافت و به خوشه چينى از محضر بزرگان زير پرداخت:
1. مرحوم آيت اللّه العظمى بروجردى (1292ـ1380ق) كه در آن روزها مبحث وقت از كتاب صلاة را تدريس مى فرمود.

2.مرحوم آيت اللّه حاج سيد محمد حجت كوهكمرى (1301ـ1372ق) كه در آن زمان تدريس خارج بيع را آغاز كرده بود.
مرحوم آيت اللّه بروجردى، شاگردان خويش را با آراى قدما، فتاواى اهل سنت، و نيز تتبع در اسناد و فهم روايات و ريشه يابى مسائل آشنا مى ساخت و درس مرحوم آيت اللّه حجت نيز، از نظر دسته بندى مطالب و نتيجه گيرى، امتياز خاصى داشت.

3.مرحوم آيت اللّه العظمى امام خمينى (1320ـ1409ق) كه در آن زمان بحث استصحاب را مطرح مى فرمود.(8) معظم له تا پايان دوره اوّل درس اصول حضرت امام، به درس ايشان حاضر گشت آنگاه بر آن شد تا مجموع درسهاى ايشان را به دقت ضبط كند و تحرير نمايد،ه اين كار در ضمن 7 سال (1330ـ 1337ش) انجام گرفت و در همان زمان به چاپ رسيد. امام راحل قدس سرَّه در آغاز كتاب مزبور ـ در تقريظى ـ چنيين نگاشته اند:

الحمد لله رب العالمين وصلى الله على محمد وآله الطاهرين ولعنة الله على أعدائهم أجمعين.
وبعد فممّا منّ الله تعالى على هذا العبد اتفاق صحابة جمّ من الأفاضل وعدّة من الأعلام أيّدهم الله تعالى ، ومنهم العالم العلم التقي صاحب الفكر الثاقب والنظر الصائب الآغا ميرزا جعفر السبحاني التبريزي وفقه الله لمرضاته، وكثّر الله أمثاله، ولقد جدّ واجتهد في تنقيح مباحث الألفاظ من بحث هذا الفقير بحسن سليقته وتوضيحها بجودة قريحته فصار بحمد الله وله المنّة صحيفة كافلة لمهمات المسائل .
في تاريخ 24 شهر ربيع المولود 1375 هـ حررّه روح الله الموسوي الخميني
چاپ اين كتاب به وسيله استاد سبحانى مايه شگفتى بود. چه ، در آن زمان 28 بهار بيشتر از عمر وى نمى گذشت و سبك نگارش كتاب هم به عربى شيوا و سليس بود.
حضرت آيت اللّه سبحانى به غير از تحصيل دروس فقه و اصول ، به آموختن فلسفه و كلام و تفسير نيز اشتغال داشت. استاد از دوران نوجوانى به مسائل فكرى و عقلى كشش بسيار زيادى داشت و به شخصيتهاى متفكر و اساتيد منطق و معقول ارجى شايان مى نهاد.
از همين رو در تبريز به محضر مرحوم آيت اللّه حاج سيد محمد بادكوبه اى (م 1390ق) شتافت و از او شرح قواعد العقائد علامه را بياموخت. سپس در حوزه علميه قم مطالعات فلسفى خويش را با شركت در درسهاى منطق و فلسفه حضرت آيت اللّه علاّمه سيد محمد حسين طباطبائى(م1402ق) تكميل نمود و در سالهاى 1328تا 1330 ش شرح منظومه و پس از آن بخش اعظم اسفار را نزد ايشان فرا گرفت و همزمان، در جلسه شبهاى پنجشنبه و جمعه علاّمه طباطبائى (9)، كه در آن فلسفه مادى به نقد كشيده مى شد و نگارش كتاب ارزشمند "اصول فلسفه و روش رئاليسم" و پاورقي آن توسط استاد شهيد آيت اللّه مطهرى حاصل آن جلسات بود، شركت جست و پس از پايان اين دوره به خواست حضرت استاد علاّمه، كتاب اصول فلسفه رابه عربى بازگرداند كه نخستين جلد آن با تقريظ علامه طباطبائى به چاپ رسيد.