خاندان 

پدر

پدرش سیدجواد خامنه‌ای (۲۰جمادی‌الثانی ۱۳۱۳نجف، ۱۶ آذر۱۲۷۴/۱۴ تیر ۱۳۶۵) از علما و مجتهدان عصر خود بود که در نجف متولد شد و در کودکی همراه خانواده‌اش به تبریز آمد. پس از اتمام دوره‌ی سطح، در حدود ۱۳۳۶ق به مشهد مهاجرت کرد[۸] و در فقه و اصول از محضر بزرگانی چون حاجآقا حسین قمی، میرزا محمد آقازاده خراسانی (کفائی)، میرزا مهدی اصفهانی و حاج فاضل خراسانی و در فلسفه از محضر آقابزرگ حکیم شهیدی و شیخ اسدالله یزدی بهره‌مند گردید[۹] . سپس در ۱۳۴۵ق به نجف رفت و از حوزه‌ی درس میرزا محمدحسین نائینی، سید ابوالحسن اصفهانی و آقا‌ضیاءالدین عراقی کسب فیض کرد و از سه نفر مذکور اجازه‌ی اجتهاد گرفت[۱۰] . او در پی تصمیم بازگشت به ایران راهی مشهد شد و برای همیشه در آن شهر اقامت گزید و ضمن تدریس، امامت مسجد صدیقیهای بازار مشهد (مسجد آذربایجانیها) را عهده‌دار گردید[۱۱] . او همچنین از امامان جماعت مسجد جامع گوهرشاد نیز بود[۱۲] . وی علاقه‌ی زیادی به مطالعه داشت. مباحثات علمی روزانه وی با هم‌ردیفان از جمله حاج میرزا حسین عبائی، حاج سید علی‌اکبر خوئی، حاج میرزا حبیب ملکی و ... تا دهها سال ادامه داشت. همچنین فردی پرهیزگار و بی‌توجه به امور دنیوی بود و زندگی زاهدانه‌ای داشت[۱۳] .
پس از پیروزی انقلاب اسلامی با آنکه فرزندانش به مقامات عالی سیاسی و اجرایی رسیدند، همچنان به زندگی زاهدانه‌ی خود ادامه داد. به دلیل بهره‌مندی از کمالات انسانی همواره مورد وثوق مردم بود. در رواق پشت ضریح مطهر امام رضا (ع) به خاک سپرده شد[۱۴] . امام خمینی در پیام تسلیتی به آیت‌الله خامنه‌ای به مناسبت فوت پدرش، آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای را عالمی با تقوا و متعهد برشمرد[۱۵] .
جد اعلای ایشان سیدمحمد حسینی تفرشی نسب به سادات افطسی می‌رساند. شجره وی به سلطان‌العلماء احمد، معروف به سلطان سیداحمد می‌رسد که با پنج واسطه از اخلاف امام سجاد (ع)، است. جدش سیدحسین خامنه‌ای (تولد حدود ۱۲۵۹ق/ درگذشت ۲۰ ربیع‌الثانی ۱۳۲۵ق) در خامنه به دنیا آمد و در نجف نزد اساتید بزرگی چون سیدحسین کوه‌کمری، فاضل ایروانی، فاضل شربیانی، میرزا باقر شکی و میرزا محمدحسن شیرازی تلمذ کرد و پس از طی مدارج علوم دینی در حوزه‌ی علمیه‌ی نجف اشرف، در زمره‌ی فقها و مدرسان آن حوزه قرار گرفت. او در سال ۱۳۱۶ق به تبریز آمد[۱] و مدرس مدرسه‌ی طالبیه و امام جماعت مسجد جامع آن شهر شد[۲] . دارای افکار بلند سیاسی و اجتماعی و از علمای طرف‌دار مشروطه بود و همواره مردم را به حمایت و پاسداری از نهضت مشروطه تشویق می‌کرد[۳] . برخی از آثار علمی ایشان از جمله حاشیه بر کتابهای ریاض‌المسائل، قوانین‌الاصول، مکاسب شیخ انصاری، فوائدالاصول و شرح لمعه وقف کتابخانه‌ی حسینیه‌ی شوشتری نجف شد[۴] . شیخ محمد خیابانی، روحانی مبارز و مجاهد عصر مشروطه، شاگرد و داماد وی بود[۵] . سیدمحمد خامنه‌ای (۱۲۹۳ نجف/شعبان ۱۳۵۳ق نجف) مشهور به پیغمبر[۶] ، عموی آیت‌الله خامنه‌ای از شاگردان آخوند خراسانی، شریعت اصفهانی و دیگر بزرگان نجف بود، و فردی آگاه به مسائل زمان و از رجال طرف‌دار مشروطه به‌شمار میرفت[۷] .

مادر
بانو میردامادی (۱۲۹۳ش ـ ۱۳۶۸ش)، مادر آیت‌الله خامنه‌ای بانویی زاهد، متشرع، آشنا با آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات بود. او در جریان مبارزه با رژیم پهلوی با فرزندان مبارزش، به‌ویژه آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای همگام بوده است[۱۶] .
آیت‌الله خامنه‌ای درباره مادرشان می‌گویند: «مادرم خانم بسیار فهمیده، باسواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظ شناس - البته حافظ شناس که میگویم، نه به معنای علمی و اینها، به معنای مأنوس بودن با دیوان حافظ - و با قرآن کاملاً آشنا بود و صدای خوشی هم داشت.
ما وقتی بچه بودیم، همه مینشستیم و مادرم قرآن میخواند؛ خیلی هم قرآن را شیرین و قشنگ میخواند. ما بچه‌ها دورش جمع میشدیم و برایمان به مناسبت، آیه‌هایی را که در مورد زندگی پیامبران است، میگفت. من خودم اولین بار، زندگی حضرت موسی، زندگی حضرت ابراهیم و بعضی پیامبران دیگر را از مادرم - به این مناسبت - شنیدم. قرآن که میخواند، به آیاتی که نام پیامبران در آن است میرسید، بنا میکرد به شرح دادن.»
آیت‌الله سیدهاشم نجف‌آبادی (میردامادی) (۱۳۰۳ق ـ۱۳۸۰ ق)، جد مادری آیت‌الله خامنه‌ای (از خاندان میرداماد فیلسوف مشهور عصر صفویه) از شاگردان آخوندخراسانی و میرزا محمدحسین نائینی، از علما و مفسران قرآن و از ائمه‌ی جماعت مسجد‌گوهرشاد بود[۱۷] و در عین حال به امر به معروف و نهی از منکر اهتمام ویژه‌ای داشت و در پی اعتراض به کشتار مردم در مسجد گوهرشاد در دوره‌ی حکومت رضاشاه، به سمنان تبعید شد[۱۸] . آیت‌الله خامنه‌ای از سوی مادر به محمد دیباج فرزند امام جعفر صادق (ع) نسب می‌رساند[۱۹] .