- صفحه نخست
- زندگینامه
- مقالات
- اخبـار
- چند رسانه ای
- امور طلاب
- وجـوهات
- فلسفه خمس و زکات
- احکام خمس
- به تفکیک موضوع
- موارد تعلق خمس
- منفعت کسب
- مالى که از كسب به دست آورده
- مالی که از غير كسب به دست آورد
- مهر زن و عوض خلع و ارث
- ارث از کسی که خمس آن را نداده يا بدهكار است
- مالی که به واسطه قناعت از مخارج سال زياد بيايد
- مال كسى كه تمام مخارجش را ديگرى مى دهد
- درآمد حاصله از وقف خاص
- مالى كه فقير بابت خمس و زكات و صدقه گرفته يا از آن منفعتى برده
- خرید با عين پول خمس نداده
- خرید به ذمه و بهاى آن از پول خمس نداده
- اگر مالى را كه خمس آن داده نشده بخرد
- بخشیدن چيزى را كه خمس آن داده نشده
- مالی از كافر يا كسى كه به دادن خمس عقيده ندارد به شيعه برسد
- اول سال خمسى براى كسى كه شغل دارد و يا اتفاقاً منفعتى ببرد
- اداى خمس منفعت يا تأخير آن تا آخر سال و قمرى بودن سال
- کسی که سال خمسى دارد و در بين سال بميرد
- پائین آمدن قيمت جنسى كه براى تجارت خريده در آخر سال
- بالا رفتن قيمت جنسى كه براى تجارت خريده و تا بعد از سال نفروشد
- بالا رفتن قیمت در غیر مال التجاره مالى
- احداث باغ به قصد تجارت يا مصرف ميوه آن
- کاشت درخت بيد و چنار و مانند اينها
- كسى كه چند رشته كسب دارد
- خرج هائى كه براى به دست آوردن فايده مى شود
- آنچه از منافع كسب صرف در مخارج آن سال می شود
- مالى را كه به مصرف نذر و كفاره يا جايزه و هديه كرده
- جهيزيه دختر
- مالى را كه خرج سفر حج و زيارتهاى ديگر مىكند
- كسر مخارج سال از درآمد سال يا از مالی كه خمس آن واجب نيست
- آذوقه اى كه در آخر سال زياد آمده باشد
- اثاثيه و زیور آلات زنانه که احتياجش از آنها برطرف شده
- کسر مخارج از منفعت سال بعد
- خمس سرمایه
- کسر آنچه از سرمایه خرج کرده از منفعت آخر سال
- کسر سرمایه تلف شده از منافع قبل از تلف
- تهیّه مالی که از بین رفته از منفعتى كه به دست مى آيد
- حكم كسر و اداى قرضش از منفعت
- کسر قرض از منافع سال بعد و حکم ادای آن
- قرض براى چيزى كه به آن احتياج ندارد اداى آن از منافع سال
- اداى خمس از همان چيز يا به مقدار قيمتش از پول رايج
- تصرف در مالى كه خمس آن را نداده
- به ذمه گرفتن خمس و تصرف در آن
- مصالحه كردن با حاكم شرع و به ذمه گرفتن آن
- شريكی که خمس سرمايه شركت را ندهد
- خمس منافع بچّه
- مالى که از کسى به دست آورد كه خمسش را نداده يا شك در ادای او دارد
- خرید چيزى كه از لوازم و مخارج ساليانهاش حساب نشود
- بالا رفتن قیمت ملکی که با پول خمس نداده خریده
- حساب كسى كه از اول تكليف خمس نداده
- حقوق بازنشستگى و يا مبلغى كه به عنوان بازخريد كار داده مى شود
- جوايزبانکی كه به پس اندازها تعلّق مى گيرد
- منفعت کسب
- مصارف خمس
- موارد تعلق خمس
- به تفکیک مراجع
- به تفکیک موضوع
- احکام زکات
- احکام کفاره
- احکام صدقات و رد مظالم
- استفتائات مربوطه
- درگاه پرداخت
- شماره حساب
- مراجع تقلید
- أهلُ الذّکر
- قوانین و مقررات
- درباره ما
- ارتباط با ما
حیات سیاسی و اجتماعی
حیات سیاسی و اجتماعی
دوران مبارزات پیش از انقلاب
پیشینه‌ی فعالیتهای سیاسی ـ مذهبی خاندان آیت‌الله خامنه‌ای، در او زمینه‌ی تربیتی برای مبارزه‌ی سیاسی ـ مذهبی فراهم آورده بود. نقطه‌ی آغازین ورود به فعالیتهای سیاسی، دیدار او با سیدمجتبی نواب صفوی (میرلوحی) در مشهد بود که به بیان خود او اولین بارقه‌های انقلابی را در وی پدید آورد[۳۱] . نخستین دیدار وی با امام خمینی (ره) در سال ۱۳۳۶ش صورت گرفت اما چهره‌ی سیاسی امام خمینی برای اولین بار در جریان لایحه‌ی انجمنهای ایالتی و ولایتی برای ایشان مکشوف شد[۳۲] .
آیت‌الله خامنه‌ای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام خمینی در سال ۱۳۴۱ش وارد عرصه‌های گوناگون مبارزه با طاغوت شد. جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دوره‌ی قبل از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ آغاز کرد[۳۳] . در بهمن ۱۳۴۱، پس از همه‌پرسی لایحه‌ی انجمنهای ایالتی و ولایتی، آیت‌الله خامنه‌ای و برادرش سیدمحمد مأمور رساندن گزارش آیت‌الله محمدهادی میلانی به امام خمینی در قالب نامه در مورد واکنش مردم مشهد به این همه‌پرسی شدند[۳۴] .
نخستین دستگیری (ایام ۱۵ خرداد)
در سال ۱۳۴۲ و در آستانه‌ی ماه محرم، امام خمینی وی را مأمور ساخت پیامهایی را به آیت‌الله میلانی و علما، روحانیون و هیأتهای مذهبی خراسان در جهت تداوم نهضت و آگاه‌سازی مردم در قبال تبلیغات رژیم پهلوی انتقال دهد[۳۵] . امام خمینی در این پیامها خط‌مشی مبارزه را ترسیم کرده و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، ذکر واقعه‌ی مدرسه‌ی فیضیه از روز هفتم محرم در منابر خوانده شود[۳۶] . آیت‌الله خامنه‌ای خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خط‌مشی امام خمینی راهی بیرجند ــ که تحت نفوذ خاندان علم بود ــ شد و در منابر و مجالس آن شهر درباره‌ی حادثه‌ی مدرسه‌ی فیضیه و سلطه‌ی اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد[۳۷] . به دنبال این سخنرانیها، وی در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ مقارن با هفتم ماه محرم ۱۳۸۳، دستگیر و در مشهد زندانی شد[۳۸] . پس از آزادی وی، آیت‌الله محمدهادی میلانی از او دیدن کرد[۳۹] . آیت‌الله خامنه‌ای پس از آن با حضور در جلساتی که در منزل آیت‌الله میلانی به منظور تداوم نهضت اسلامی در غیاب امام خمینی ــ‌که در حصر به سر میبرد ـ تشکیل می‌شد، فعالیتهای سیاسی‌اش را تداوم بخشید[۴۰] . اندکی پس از آن به حوزه‌ی علمیه‌ی قم بازگشت و با کمک و همکاری برخی روحانیون مبارز به سازمان‌دهی مجدد فعالیتهای سیاسی از طریق جلسات مشورتی و تبلیغات پرداخت[۴۱] . او از جمله روحانیونی بود که در ۱۱ دی ۱۳۴۲ تلگرامی به آیت‌الله سید محمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی، که در حمایت از امام خمینی زندانی شده بودند، فرستاد[۴۲] . در همان زمان طلاب خراسانی حوزه‌ی علمیه‌ی قم با هدایت او، در اعتراض به ادامه‌ی حصر امام خمینی نامهای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت، نوشته و منتشر کردند که از جمله‌ی آنها خود ایشان و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند[۴۳] .
ایشان در بهمن ۱۳۴۲، مقارن با رمضان ۱۳۸۳ق برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد[۴۴] . سخنرانیهای او در مساجد زاهدان و استقبال مردمی از آن، رژیم را بر آن داشت که ایشان را دستگیر و به زندان قزل قلعه ـ که در آن زمان محل بازداشت زندانیان سیاسی و امنیتی بود ــ منتقل نماید[۴۵] . در ۱۴ اسفند ۱۳۴۲ قرار بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای به قرار التزام به عدم خروج از حوزه‌ی قضایی تهران تبدیل و ایشان از زندان آزاد شد[۴۶] . از این پس تا پیروزی انقلاب اسلامی فعالیتهای وی همواره تحت کنترل مأموران امنیتی قرار داشت.
تشکیل جلسه «یازده نفره» حوزه علمیه قم
آیت‌الله خامنه‌ای در پاییز ۱۳۴۳ از قم به مشهد بازگشت و در کنار مراقبت از پدر به فعالیتهای علمی و سیاسی پرداخت[۴۷] . او در زمره‌ی روحانیونی بود که اندکی پس از تبعید امام خمینی به ترکیه با نگارش نامهای به دولت وقت ــ دولت امیرعباس هویدا ــ در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام خمینی اعتراض کردند[۴۸] . سیدعلی خامنه‌ای به همراه عبدالرحیم ربانی شیرازی، علی فیض مشکینی، ابراهیم امینی، مهدی حائری تهرانی، حسینعلی منتظری، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی[۴۹] . اعضای گروه یازده نفر بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزه‌ی علمیه‌ی قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت. مبارزه بر مبنای فکر و عقیده بود و همین امر علت پیشرفت آن بود و روحانیون نیز به منزله‌ی بدنه و مغز متفکر مبارزه بودند. آنان در این مرحله از مبارزه به این نتیجه رسیده بودند که بدون تشکل، موفقیت کمتری خواهند داشت و وجود آن موجب می‌شود که از فروپاشی مبارزه توسط رژیم جلوگیری شود. این گروه در دوران تبعید امام خمینی، برنامه‌ریزی جریان مبارزات و تداوم آن را بر عهده گرفت. از این گروه به‌عنوان اولین تشکیلات سری حوزه‌ی علمیه‌ی قم یاد می‌شود، فعالیت این گروه در اواخر سال ۱۳۴۵ش توسط ساواک کشف و به دنبال آن برخی از اعضا دستگیر و برخی دیگر، از جمله آیت‌الله خامنه‌ای تحت تعقیب قرار گرفتند.
در کنار این، جلسه دیگری هم راه افتاده که بنیان جامعه مدرسین امروز است. «ما جزو کسانی هستیم که در اولین نشست‌های جامعه مدرسین عضو بودیم، شرکت داشتیم. هم بنده بودم، هم به نظرم آقای هاشمی بود... آقایان [علی] مشکینی، ربانی‌شیرازی، [ناصر] مکارم و... یک عده مسن‌ترها هم شرکت می‌کردند.»[۴۵]
این جلسه‌ها و تصمیماتی که در آن گرفته می‌شد، فضای حوزه علمیه قم را تغییر داد. پا به رکاب‌ها و دست‌اندرکاران این تصمیمات، کسانی غیر از اعضاء جلسه بودند؛ طلبه‌های جوان و علاقمند. این تحرکات فضای بسته و مغموم قم را باز کرد.
آیت‌الله خامنه‌ای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است[۵۰] . ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد اما موفق به دستگیری و بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای (مترجم کتاب) نشد[۵۱] . آیت‌الله خامنه‌ای در آن ایام مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود. اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضد رژیم از فعالیتش در کرج ممانعت به عمل آمد. در مسجد امیرالمؤمنین (ع) تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت.
سومین بازداشت
در پی دستگیری و تبعید آیت‌الله سید حسن قمی در فروردین ۱۳۴۶ که به دنبال سخنرانی ضد رژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیت‌الله خامنه‌ای از آیت‌الله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند[۵۲] . این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور او در مشهد اطلاع یافته و در ۱۴ فروردین همان سال، در مراسم تشییع جنازه‌ی آیت‌الله شیخ مجتبی قزوینی، وی را دستگیر کنند[۵۳] . او در ۲۶ تیر همان سال آزاد شد[۵۴] . اندکی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت. [۵۵]
آیت‌الله خامنه‌ای از طریق ارتباط با مبارزین در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به مبارزین و مبارزه، تربیت نسل‌های جدید مبارزین و انقلابیون براساس اندیشه اسلامی خصوصاً بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشه‌های مادیگرایانه مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشه اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام خمینی پرداخت و علیرغم مقابله رژیم پهلوی به موفقیت‌های زیادی دست یافت. نگاه چندبُعدی به مبارزه، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت امام خمینی و رسانه فراگیر منبر و عملگرایی‌اش، از برخی علل موفقیت ایشان بوده است.
در پی وقوع زمین‌لرزه‌ی ویرانگر جنوب خراسان در ۹ شهریور ۱۳۴۷ عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیت‌الله خامنه‌ای با هدف امداد و سامان‌دهی کمکهای مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند. این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبه‌رو شد اما گروه امداد اقدامات مؤثری در کمکرسانی به زلزله‌زدگان انجام داد. حضور و کمکرسانی دو ماهه‌ی آیت‌الله خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله‌زده از نزدیک آشنا شود و با آنان مأنوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئتهای مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین کند. این فعالیتها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد[۵۶] . او در اواخر دی‌ماه همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام خمینی (ره) اقدام کرد اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه‌رو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع‌الخروج بود. [۵۷]
آیت‌الله خامنه‌ای به اتهام عضویت در گروه یازده نفره به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه‌ی کیهان و احضار آیت‌الله خامنه‌ای به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری ورزید[۵۸] . او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضلالله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت[۵۹] . او با تشکیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون درباره‌ی اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم‌گیری و اقدام میکرد[۶۰] .
آیت‌الله خامنه‌ای با نگاه عقیدتی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم برآن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد. او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای اقشار مختلف مردم می‌کوشید مبانی دینی ـ اعتقادی آنان را تقویت نماید. او معتقد بود تحقق آرمانهای اسلامی در بستری از کوششهای فرهنگی ممکن است و خیزشهای مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد. جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاهها تلقی می‌شد. این رویکرد را در واکنش به فعالیتهای جریانهای سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی، ضروری می‌دانست. در این زمینه فعالیتهای علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفکران اسلامی در سال ۱۳۴۸ برگزار کرد[۶۱] .
سخنرانیها در حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران
آیت‌الله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفکران و کانونهای روشنفکری مشهور در عرصه‌ی مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت. وی در سال ۱۳۴۸ به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانیهایی در برخی مراکز فعال سیاسی ـ اسلامی در تهران از جمله حسینیه‌ی ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد[۶۲] . سخنرانیهای وی در حسینیه‌ی ارشاد که در اواخر سال ۱۳۴۸ و به دنبال دعوت آیت‌الله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجد الجواد تهران، به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانش‌آموزان داشت[۶۳] . آیت‌الله خامنه‌ای در بهار ۱۳۴۹ در جهت عمق بخشیدن به روند نهضت اسلامی و تقویت بن‌مایه‌های عقیدتی مبارزه با رژیم پهلوی، سلسله جلساتی را پایه‌گذاری کرد که در آن ایده‌ی مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سید محمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، مهدی بازرگان، اکبر هاشمی رفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله‌جلسات به تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید[۶۴] .
با درگذشت آیت‌الله سید محسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیت‌الله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیت‌الله خامنه‌ای ضمن گرامی‌داشت مقام فقهی و علمی آیت‌الله حکیم و ارسال پیامهای تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد. در همان ایام و به دنبال شهادت آیت‌الله سید محمدرضا سعیدی در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ توسط ساواک که از مهمترین مروجین امام خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنشهای مردمی در اعتراض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد. بر اثر جریان‌سازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از امام خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند[۶۵] . به دنبال آن و با گسترش دامنه‌ی اعتراضات و مبارزات [۶۶] ساواک مشهد در ۲ مهر ۱۳۴۹ دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان ـ تنها زندان امنیتی مشهد ـ بازداشت کرد[۶۷] . در محرم ۱۳۹۱/ اسفند ۱۳۴۹ با آنکه نام آیت‌الله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک قرار گرفته بود وی سخنرانیهایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد[۶۸] . آیت‌الله خامنه‌ای در سال ۱۳۵۰ به دعوت آیت‌الله طالقانی سخنرانیهایی در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، ایراد کرد[۶۹] .
سه مرتبه بازداشت در سال ۱۳۵۰
در پی تحریم جشنهای ۲۵۰۰ ساله از سوی امام خمینی[۷۰] ساواک مراقبتهای شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت. بر این اساس وی در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد[۷۱] . او پس از آزادی، فعالیتهای خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان ۱۳۵۰ که به بازداشت کوتاه‌مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید. دیگری در ۲۱ آذر همان سال که به اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به سه ماه حبس محکوم گردید[۷۲] .
وی پس از آزادی، فعالیتهای سیاسی ـ اجتماعی خود را گسترش داد و بارها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانیهایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسه‌ی میرزاجعفر و مسجد امام حسن (ع) و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت. مخاطب او در این جلسات دانش‌آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروههایی از اقشار مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعدها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی‌بخشی پرداختند. گزارشهای جلسات سخنرانی و درس او بارها از سوی مأموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی چون آیت‌الله خامنه‌ای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی می‌شدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشه‌های مبارزاتی امام خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند[۷۳] .
آیت‌الله خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله‌جلسات درس اصول عقاید را، که هفته‌ای یک بار در روزهای سه‌شنبه برگزار می‌شد، دایر کرد[۷۴] . در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیرش در مسجد امام حسن (ع) و منزلش را تعطیل کرد[۷۵] . آیت‌الله خامنه‌ای در آذر ۱۳۵۲ محل اقامه‌ی نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کرد[۷۶] . ساواک مشهد در واکنش به فعالیتهای سیاسی گسترده‌ی او، او را از اقامه‌ی نماز جماعت در آن مسجد باز داشت[۷۷] .
زندان ششم؛ سخت‌ترین دوره حبس
در آبان ۱۳۵۳ به دعوت آیت‌الله محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری آیت‌الله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانونهای مهم مبارزه اقدام کرد[۷۸] . به دنبال آن، منزل آیت‌الله خامنه‌ای هم در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره‌ی ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان‌دهی مبارزه و استفاده از فرصتها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود[۷۹] . در نهایت آیت‌الله خامنه‌ای در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته‌ی مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردید[۸۰] و به گفته خود دشوارترین و سخت‌ترین وضعیت حبس خود را تجربه کرد.او در حبس، اجازه‌ی ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود[۸۱] .
او در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه‌ی جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود[۸۲] . اما او به‌رغم همه‌ی محدودیتهای سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیتها و اقدامات روشنگرانه‌ی انقلابی خود را به صورت مخفیانه پیگرفت و پرداخت شهریه‌ی امام خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد[۸۳] . در اواخر سال ۱۳۵۴ مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه‌ی اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد. او در خرداد ۱۳۵۵، به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمکرسانی به مردم سیل‌زده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه‌ی عوضیه‌ی آن شهر به امدادرسانی پرداختند[۸۴] .
در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره‌ی فعالیتهای سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ در مشهد وجود دارد که به طرف‌داری از امام خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداخته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای در محرم ۱۳۹۶/دی ۱۳۵۵ سخنرانیهایی علیه رژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله‌جلسات مباحثه درباره‌ی تبیین فضای فکری ـ فرهنگی، به‌ویژه برای دانشجویان و جوانان[۸۵] و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید[۸۶] . از سوی دیگر، ساواک هم می‌کوشید برای به دست آوردن مستنداتی علیه او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند[۸۷] . به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آیت‌الله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور داشت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینه‌اش با شریعتی و پدرش بود[۸۸] .
تبعید به ایرانشهر
به دنبال درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کرد[۸۹] . همان ایام به همراه عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره کردند[۹۰] . با درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله‌ی نهایی خود شد و حرکتهای جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.
او در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامهای به آیت‌الله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه‌ی رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه‌ی مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را گرامی داشت[۹۵] . این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید[۹۶] .
وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا آیت‌الله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده‌دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمکهای مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب و در بین سیل‌زده‌ها تقسیم کند[۹۷] .آیت‌الله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره‌ی نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخدادها قرار می‌گرفت و با نامه‌نگاریهای گوناگون در بسیاری از تصمیم‌گیریهای جمعی علما مشارکت میکرد.
تبعید به جیرفتبا اوج‌گیری انقلاب اسلامی در آستانه‌ی ماه رمضان، ۲۸ شعبان ۱۳۹۸/ ۲۸ تیر۱۳۵۷، شماری از طلاب حوزه‌ی علمیه‌ی مشهد به ادامه‌ی تبعید آیت‌الله خامنه‌ای اعتراض و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت مأموران انتظامی انجامید[۹۸] . گسترش فعالیتهای انقلابی و مردمی آیت‌الله خامنه‌ای در راستای جهت‌دهی و سامان‌دهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یک سو، و محبوبیت و نفوذ روزافزون وی در میان اقشار مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دورافتاده و دارای محدودیتهای بیشتری بود، تغییر دهند. لذا وی در ۲۲ مرداد به جیرفت انتقال یافت[۹۹] .
مبارزات سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری علیه حکومت پهلوی پرداخت. یکی از سخنرانیها، که در ۱۵ شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد[۱۰۰] . این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود. او در شمار روحانیون تبعیدی‌ای بود که در نامهای به آیت‌الله سیدعبدالحسین دستغیب، ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه دادند[۱۰۱] . وی در این دوره، مخفیانه عازم کهنوج شده، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای ایراد کرد[۱۰۲] .
بازگشت به مشهدبا گسترش مبارزات مردمی و ازهم‌گسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیت‌الله خامنه‌ای در اول مهر ۱۳۵۷ از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیتهای خود را در امر سامان‌دهی امور انقلاب و تشدید روند مبارزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد[۱۰۳] . در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارز مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده‌ی راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامه‌ی مبارزه صادر کند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند[۱۰۴] .
فعالیتهای مبارزاتی آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان‌دهی حرکتها و تظاهرات مردمی، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد[۱۰۵] . در عین حال با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سید احمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با آیت‌الله صدوقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیت‌الله خامنه‌ای را اعلام کرد[۱۰۶] . آیت‌الله خامنه‌ای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعدآباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد[۱۰۷] . او در آخرین روزهای آبان همراه با سیدعبدالکریم هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستانهای قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهرها همت گماشت. فعالیتهای روزافزون و تأثیرگذار آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند. در گزارشهای ساواک از آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته‌ی انقلاب در خراسان نام برده شده است[۱۰۸] .
سخنرانی عاشورای ۵۷ در حرم امام رضاوی در ۱۹ و ۲۰ آذر ۱۳۵۷ هم‌زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راه‌پیمایان مشهد ایراد کرد و خطبه‌ی شب عاشورا را در حرم مطهر امام‌رضا (ع) به نام امام خمینی خواند و با این اقدام انقلابی تابوی سنتی حکومت پهلوی را که تا پیش از آن، مراسم مذکور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا میکرد، در هم شکست[۱۰۹] . همچنین او در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را سامان‌دهی کرد و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت[۱۱۰] . وی در شمار روحانیونی بود که در ۲۴ آذر در اعتراض به حمله‌ی مأمورین رژیم پهلوی به بیمارستان شاهرضای مشهد (امام رضا (ع) کنونی) برنامه‌ی تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد[۱۱۱] . در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند[۱۱۲] . متحصنین با صدور اعلامیه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند[۱۱۳] و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام خمینی تأکید کردند. این اقدام آنان بازتاب گستردهای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آنها در سراسر ایران منتشر شد[۱۱۴] .
تظاهرات ۹ دی ۵۷ مشهد
آیت‌الله خامنه‌ای در ۹ دی ۱۳۵۷ به همراه عده‌ای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند. اما علیرغم تلاشهای مسالمت‌آمیز آنها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابانها ریخته و برخی ساختمانها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد از جمله آیت‌الله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل‌عام مردم تظاهرکننده فاجعه‌ی یکشنبه‌ی خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷ را به بار آوردند[۱۱۵] . به دنبال وقوع این حوادث، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیون مبارز مشهد در محکومیت این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر کردند[۱۱۶] .
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند[۱۱۷] . آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بودند با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک و در اواخر دی ۱۳۵۷ به تهران آمد و در مدرسه‌ی رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به‌ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله‌ی نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت[۱۱۸] . پس از تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی[۱۱۹] مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات آن را عهده‌دار شد.
تحصن در مسجد دانشگاه تهران
به دنبال بسته شدن فرودگاههای کشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام خمینی به ایران، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه آیت‌الله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سرشناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را سامان‌دهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت[۱۲۰].
در لحظه‌ی تاریخی ورود امام خمینی به میهن در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ آیت‌الله خامنه‌ای، به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت. در طول دهه‌ی فجر انقلاب اسلامی، آیت‌الله خامنه‌ای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت‌طلبی‌های احزاب و گروههای گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام «امام» بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر کرد[۱۲۴] .
۲.۳. دهه‌ی اول انقلاب اسلامی: بهمن ۱۳۵۷ - خرداد ۱۳۶۸۱.۲.۳. فعالیتهای سیاسی
شورای انقلاب
یکی از نخستین عرصه‌های نقش‌آفرینی آیت‌الله خامنه‌ای در روند تکون نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر۱۳۵۷ و ظهور نشانه‌های پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحله‌ی انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی به‌تدریج انتخاب شدند، اما به لحاظ رعایت ملاحظات مختلف به‌صورت رسمی در آستانه‌ی پیروزی انقلاب در ۲۲ دی ۱۳۵۷ اعلام گردید[۱۲۵] .
نخستین اعضای شورا آقایان مرتضی مطهری، سید محمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی، سیدعلی خامنه‌ای و محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند. در ادامه کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت آن درآمدند[۱۲۶] . آیت‌الله خامنه‌ای در اواخر دی ماه در این جلسات حضور پیدا کرد[۱۲۷] . شورا در این مقطع، تصمیم‌گیریهای مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت. از جمله‌ی آنها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی، از جمله آمریکا و نیز تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی بود[۱۲۸] . اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به عنوان رئیس دولت موقت به امام خمینی بود[۱۲۹] .
پس از پیروزی انقلاب آنچه برعهده شورای انقلاب قرار داشت عبارت بود از: قانون‌گذاری در غیاب قوه‌ی مقننه، انجام بخشی از وظایف قوه‌ی مجریه پس از ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در تیر ۱۳۵۸ و انجام همه آن پس از استعفای دولت موقت در ۱۴ آبان ۱۳۵۸ تا پس از آن. در کنار این وظایف اصلی، مرجعی برای رفع معضلات و بحرانهای پیشِ رویِ نظام نوپای جمهوری اسلامی و مشاوره برای امام نیز بود[۱۳۰] . به رغم تغییر چندین‌باره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانه‌ی آن تا پایان فعالیتش در ۲۹ تیر ۱۳۵۹ آیت‌الله خامنه‌ای عضو ثابت ان باقی ماند[۱۳۱] . ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهت‌دار اعضای موسوم به «لیبرال» شورا، هشدارهای مکرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب توده ایران و دیگر احزاب و گروههای مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصه‌ی فرهنگ کشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود[۱۳۲] .او معتقد بود که در شورای انقلاب باید از اقشار گوناگون جامعه نمایندهای حضور داشته باشد[۱۳۳] . مسائل کردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی در شورای انقلاب بود. او بر این عقیده بود که دولت موقت در قضیه کردستان ضعف نشان داده و باید آن را از راههای مختلف حل کرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی کشور جلوگیری نمود[۱۳۴] . در مورد منطقه‌ی سیستان و بلوچستان نیز براساس از تجربه‌ی حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تأکید داشت[۱۳۵] . در این زمینه در ۹ فروردین ۱۳۵۸ از سوی امام خمینی مأموریت یافت در رأس هیأتی عازم آن منطقه شود تا به خواستها و مشکلات مردم رسیدگی و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه کند[۱۳۶] . در این سفر، افزون بر مأموریت یادشده، با برخی از سران و متنفذین محلی منطقه دیدار و سیاستهای نظام جمهوری اسلامی را برای آنها تشریح و تبیین کرد.
حمایت از تأسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود[۱۳۷] . معاونت شهید چمران
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ برخی اعضای شورای انقلاب از سوی آن شورا به برخی از وزارتخانه‌های حساس راه یافتند و از آن جمله آیت‌الله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید. در این زمان دکتر مصطفی چمران وزیر دفاع بود[۱۳۸] . همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوه‌ی مجریه صورت گرفت ایشان به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولیت کلیه‌ی امور انتظامی، نظامی و امنیتی، از جمله بحرانهای گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروههای ضدانقلاب را بر عهده داشت، انتخاب گردید[۱۳۹] .
از دیگر مأموریت‌های وی از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۳ آذر ۱۳۵۸ بود[۱۴۰] . وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت میکرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماههای پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته بود و با تلاشهای میانجیگرانه به نتیجه نرسیده بود[۱۴۱] . وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی، به‌ویژه سپاه بود، در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او در ۵ اسفند ۱۳۵۸ از مسئولیت سرپرستی سپاه به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دورۀ مجلس شورای اسلامی استعفا داد[۱۴۲] .
تاسیس حزب جمهوری اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، هم‌زمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره‌ی گذار[۱۴۳] ، به‌همراه سید محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت میکرد[۱۴۴] . این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ رسماٌ اعلام موجودیت کرد اما پایه‌های تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ بر می‌گردد که در آن برخی از مبارزان از جمله مؤسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی در صدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه‌ی اسلامی بودند[۱۴۵] . بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماههای منتهی به پیروزی انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانیها بر عهده داشت که فعالیت آیت‌الله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود[۱۴۶] .
دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی
پس از آیت‌الله بهشتی و دکتر باهنر ـ اولین و دومین دبیرکل حزب ـ آیت‌الله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد[۱۴۹] . در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه‌ی ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت میکرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود[۱۵۰] .
ایشان هم‌زمان با دوره‌ی دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را بر عهده داشت. در این دوره فعالیتهای حزب به دلایل مختلف، از جمله: رفع بحرانهای سالهای اولیه‌ی انقلاب، تأسیس نهادها و سازمانهای مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال شخصیتهای محوری حزب از جمله آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیانگذاران مؤثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت‌بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح‌بندیها در درون حزب، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیه‌ی خود را نداشت[۱۵۴] . لذا آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش نامهای به امام خمینی و ذکر دلایل یادشده، به ویژه پیدایش و تشدید جناح‌بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیتهای آن شدند[۱۵۵] . امام خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیتهای حزب تعطیل شد[۱۵۶] .
امامت جمعه‌ی تهرانامام خمینی در ۲۴ دی ۱۳۵۸ آیت‌الله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند[۱۵۷] . ایشان نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کردند[۱۵۸] . از این تاریخ تا واقعه‌ی ۶ تیر۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به ایشان سوء قصد و بر اثر آن به شدت مجروح گردیدند، به جز مقطع ۲۱ بهمن تا ۶ اسفند ۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر میبرد، نماز جمعه‌ی تهران را اقامه کردند[۱۵۹] . پس از آن نیز همواره این سمت را بر عهده داشت.
اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه‌ی جمعه به منظور انسجام شبکه‌ی امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه‌ی فیضیه‌ی قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد[۱۶۰] . وی در خطبه‌های نماز جمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهمترین و قاطع‌ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده و همچنین، به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلام بود، از ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بوده است.
مایندگی در مجلس شورای اسلامیآیتالله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دوره قانون‌گذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعه‌ی روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد[۱۶۱] و از حوزه‌ی انتخابیه‌ی تهران وارد مجلس شد. در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود.
در مدت ریاست ایشان طرحها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد که از مهمترین آنها می‌توان تأمین نیازمندیهای استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئله‌ی کردستان، مسائل مرزی، مسئله‌ی بلوچستان و سازمان‌دهی نوین ارتش را نام برد[۱۶۲] . از موضع‌گیریهای مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد[۱۶۳] . با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶ تیر ۱۳۶۰ در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر ۱۳۶۰ قوه‌ی مقننه را ترک گفت.
حضور در دفاع مقدسآیتالله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ بصورت فعالانه به ایفای نقش پرداخت.
ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه و از رادیو به اطلاع مردم رساند[۱۶۴] . در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت. و آنگاه که قرار شد یک نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین کسی که این پیشنهاد را پذیرفت آیت‌الله خامنه‌ای بود[۱۶۵] . در ۵ مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه امام خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت[۱۶۶] تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه‌ی مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند[۱۶۷] . بر این اساس عازم جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن در جبهه غرب حاضر شد. ولی حضور جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانیهای لازم، مستمر بود[۱۶۸] .
وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کرد. پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیتهای ایشان در صحنه‌ی نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبهه‌ها صرف هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگهای نامنظم ــ که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود ــ می‌شد[۱۶۹] . از اقدامات ویژه‌ی این ستاد که آیت‌الله خامنه‌ای مستقیماً در آن نقش داشت، تشکیل گروههای نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه‌ی نیازمندیهای فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود[۱۷۰] . از دیگر تلاشهای ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود[۱۷۱] .
نمایندگی امام در شورای عالی دفاعبه فرمان امام خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه‌ی امور جنگ شد[۱۷۲] و آیت‌الله خامنه‌ای که براساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده‌ی ایشان در این شورا[۱۷۳] و نیز سخنگوی آن بود[۱۷۴] . در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود[۱۷۵] . وی معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره‌ی مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه‌ی مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رسانید[۱۷۶] .
عملیات شکست حصر آبادان
در عملیات شکستن حصر آبادان[۱۷۷] حضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامهای به ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشت و هشدار داد که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد. اما، بنی‌صدر به آن هشدار توجهی نکرد[۱۷۸] .
جنگ، مهمترین موضوع دوران ریاست جمهوری
در دو دوره‌ی ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهمترین موضوع کشور بود. از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ تحولاتی در صحنه‌ی جنگ پیش آمد و در مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از بیشتر سرزمینهای اشغال‌شده بیرون رانده شدند و با وحدت‌نظر مسئولان ارشد کشور ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع سلسله عملیات‌های نظامی، طراحی و اجرا شد. هم‌زمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیک ایران در عرصه‌ی بین‌المللی نیز بیشتر و فعالتر شد.
همچنین که آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور به‌کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندیهای جبهه‌های جنگ تشکیل شد[۱۸۱] . امام خمینی در پاسخ به استعلام ایشان در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کرد[۱۸۲] .
در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، و با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پذیرش قطعنامه ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست آیت‌الله خامنه‌ای و با حضور مسؤولان عالی‌رتبه نظام در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ به تصویب رسید و امام خمینی نیز بر آن صحه گذاشت[۱۸۳] .امام خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و ناگوار و صرفاً به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد: «قبول این مسئله برای من از زهر کشنده‌تر است؛ ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم... در قبول این قطعنامه فقط مسئولین کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفته‌اند. و کسی و کشوری در این امر مداخله نداشته است» [۱۸۴] . به دنبال این تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور در نامهای در تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه‌ی ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد[۱۸۵] .
۲.۲.۳. فعالیتهای ارشادی و تبیینیبخش مهمی از فعالیتهای سیاسی و مذهبی آیت‌الله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب اسلامی تا انتخاب به ریاست جمهوری، فعالیتهای ارشادی به منظور نهادینه کردن و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.
توصیه امام به دانشجویان برای رجوع به آیت‌الله خامنه‌ای
به دنبال شهادت آیت‌الله مرتضی مطهری و خلائی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیت‌الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروههای مخالف نظام جمهوری اسلامی، به‌ویژه مارکسیستها در محیط دانشگاهی تعیین کرد[۱۸۶] .
جلوگیری از انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی
اقدام دیگر او مقابله با تلاشهایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شکل‌گیری بود. بدین نحو که نامهای به امضای پانزده نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اظهار نظر ایشان، انحلال مجلس مزبور را به مردم اطلاع دهند و اگر امام خمینی مخالفتی کرد به صورت دسته‌جمعی استعفا کنند[۱۸۸] .
سفر تبلیغی به هند
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن پانزدهم هجری قمری نیز بود بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئتهای گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاههای جمهوری اسلامی ایران و ویژگی‌های انقلاب اسلامی را برای ملتها، به ویژه ملتهای مسلمان تشریح و تبیین کنند. آیت‌الله خامنه‌ای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را بر عهده گرفت.
مقابله با لیبرالها و بنی‌صدر
یکی از مسائل مهم جامعه‌ی ایران در سالهای اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرالها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی از جمله آیت‌الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره‌ی شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی‌صدر بود.
آیت‌الله خامنه‌ای از ۱۳۵۸ تا اول تیر ۱۳۶۰ در موارد گوناگون علیه جناح لیبرال و ملی‌گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی امریکا در ایران و تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت کرد[۱۹۶] . در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزراء و مسئله‌ی پاکسازی در ادارات و سازمانهای دولتی نیز با انتخاب افرادی که در خط انقلاب نبودند و طرف‌دار خط سازش با امریکا و یا رابطه داشتن با کشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت میکرد[۱۹۷] .
۳.۲.۳. ترور نافرجام توسط منافقینآیتالله خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد[۱۹۸] . امام خمینی، در پیامی خطاب به ایشان توطئه‌ی سوء‌قصد به جان وی را محکوم کرد و از ایشان تجلیل نمود[۱۹۹] . بر اثر این سوء قصد، ایشان از ناحیه‌ی سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دید. گزارشهای غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند[۲۰۰] . آیت‌الله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شد. در ۱۸ مرداد ۱۳۶۰ از بیمارستان مرخص شد و مجدداً به صحنه‌ی اجتماع و سیاست بازگشت و از ۲۶ مرداد ۱۳۶۰ در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد[۲۰۱] .
۳.۳. دوران ریاست جمهوری
دور اول - انتخاب به عنوان ریاست جمهوری با ۹۵ درصد آرا
پس از شهادت محمدعلی رجایی ـ دومین رئیس جمهور اسلامی ایران ـ شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و علیرغم مخالفت ایشان، وی را به عنوان نامزد ریاست جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که سابقاً با تصدی روحانیون برای ریاست جمهوری موافق نبودند با نامزدی ایشان موافقت کردند[۲۰۲] .
در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ علی‌اکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد[۲۰۷] ، ولی وی در رأی‌گیری روز ۳۰ مهر ۱۳۶۰ نتوانست آرای اکثریت نمایندگان را کسب نماید[۲۰۸] . در ۴ آبان ۱۳۶۰ میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامه‌ی جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجه‌ی دولتهای رجایی، باهنر و مهدوی کنی[۲۰۹] بود به عنوان نخست‌وزیر به مجلس معرفی کرد[۲۱۰] . او توانست در ۶ آبان ۱۳۶۰ آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند[۲۱۱] .
آیت‌الله خامنه‌ای ریاست جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که نهاد ریاست جمهوری از ساختار مناسبی برخوردار نبود. گروههای مشاور و کارگروهها برای کمک به رئیس‌جمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس‌جمهور پدید می‌آورد. به تدریج، دفتر ریاست جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت[۲۱۲] . آیت‌الله خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاشهای خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس جمهور و نهاد ریاست جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس جمهور که کاستی آن به‌ویژه در تعامل با نخست‌وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید[۲۱۳] . سرفصل برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای در دوره‌ی چهارساله‌ی اول ریاست جمهوری عبارت از: اهتمام به امور مربوط به جنگ تحمیلی، نیل به سیاستهای اقتصادی به سوی حمایت از مستضعفان و دورافتادگان از مرکز، طاغوت‌زدایی از همه‌ی شئون زندگی اداری، اجتماعی و سیاسی مردم ایران، کشف و به کارگیری استعدادهای انسانی در همه‌ی عرصه‌ها از تکنیک تا هنر، تأمین امنیت اجتماعی، اداری و قضایی برای ارائه‌ی خدمت مؤثر به مردم، تأمین امنیت و آزادی همه‌ی افراد وفادار به نظام جمهوری اسلامی با هر اندیشه و تفکر[۲۱۴] . در دوره‌ی چهارساله‌ی دوم نیز ضمن ادامه‌ی برنامه‌های دوره‌ی اول که در رأس آنها جنگ تحمیلی قرار داشت، تدوین لایحه‌ی اختیارات ریاست جمهوری، کاهش تصدی‌گری دولت و واگذاری امور به مردم، به کار گماردن مسئولین لایق، انقلابی و کارآمد در دولت، رفع فقر مزمن و طولانی‌مدت حاکم بر جامعه و زندگی مردم، واگذاری زمینهای کشاورزی به مردم، واگذاری صنایع دولتی به بخش تعاونی، سهیم‌شدن کارگران در کارخانه‌ها، گسترش و توسعه‌ی صادرات غیرنفتی و کاهش اتکای کشور به درآمد نفت، مشارکت مردم در امور اقتصادی و فرهنگی کشور با نظارت دولت، سوق دادن سیاست فرهنگی کشور به سوی استقلال فرهنگی از اهم برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای بود[۲۱۵] .
در عرصه‌ی سیاست و روابط خارجی برنامه‌ی ایشان شامل اتخاذ سیاست مستقل و متوازن در قبال هر یک از کشورهای جهان و تصمیم‌گیری برمبنای مصالح نظام و کشور همراه با قاطعیت و صراحت، عدم وابستگی به شرق و غرب[۲۱۶] ، اهمیت دادن به وحدت میان مسلمانان جهان، اهتمام جدی در بازپس گرفتن حقوق مسلمانان جهان از قدرتهای جهانی و مبارزه‌ی مستمر با هرگونه اقدام و حرکتی در جهت سلطه‌ی ابرقدرتها در منطقه، اهتمام جدی به مسئله‌ی قدس و دیگر سرزمینهای غصب‌شده‌ی فلسطین و آمادگی برای مبارزه‌ی همه‌جانبه با دشمن صهیونیست، بازگشت به فرهنگ غنی و اصیل اسلامی در عرصه‌ی بین‌المللی به عنوان سد راه دشمنان و غارتگران، افزایش فعالیت و حضور مؤثر در صحنه‌های بین‌المللی بود[۲۱۷] .
باتوجه به تجربه مشکلات و اختلاف‌نظرها با نخست‌وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست جمهوری مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی ایشان دانستند، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت[۲۱۸] .
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس‌جمهور، و در آستانه‌ی انتخاب نخست‌وزیر آنگاه که معلوم شد آیت‌الله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخست‌وزیر درصدد معرفی فرد دیگری برای نخست‌وزیری است برخی نظامی‌ها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست‌وزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفتند و به آیت‌الله خامنه‌ای حکم کردند که مهندس موسوی را به عنوان نخست‌وزیر معرفی کند. آیت‌الله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و علیرغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد[۲۱۹] . در دوره‌ی دوم ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای اختلافات رئیس جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
۱.۳.۳. فعالیتهای سیاسی و فرهنگی در دوران ریاست جمهوری
ترمیم تشکیلات انقلاب فرهنگی
در ۸ شهریور ۱۳۶۲ آیت‌الله خامنه‌ای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس حکم امام خمینی عهده‌دار شد. امام این حکم را در پاسخ به استعلام ایشان به مناسبت بازگشایی دانشگاهها صادر کرد[۲۲۰] . همچنین، دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام امام خمینی در ۱۹ آذر ۱۳۶۳، صورت داد[۲۲۱] . در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد و رئیس‌جمهور رئیس این شورا شد[۲۲۲] . آیت‌الله خامنه‌ای این سمت را تا پایان دومین دوره‌ی ریاست جمهوری خود در تیر ۱۳۶۸ عهده‌دار بود و در این سالها در تدوین سیاستهای مهم فرهنگی کشور نقش مؤثری ایفا نمود[۲۲۳] .
در دوران هشت ساله‌ی ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای دستگاه سیاست خارجی و دیپلماسی ایران فعالتر شد. یکی از شاخصهای توسعه‌ی سیاست و روابط خارجی، سفرهای رئیس‌جمهور به کشورهای مختلف برای توسعه روابط بود که در دوره‌ی اول ریاست جمهوری شروع شد و در دوره‌ی دوم توسعه یافت[۲۲۴] . ایشان در دوره‌ی اول ریاست جمهوری از ۱۵ تا ۲۰ شهریور ۱۳۶۳ به کشورهای سوریه، لیبی و الجزایر و در دوره‌ی دوم از ۲۳ دی تا ۳ بهمن ۱۳۶۴ به کشورهای آسیایی و آفریقایی پاکستان، تانزانیا، زیمبابوه، آنگولا و موزامبیک سفر نمود. از ۱۱ تا ۱۵ شهریور ۱۳۶۵ برای شرکت در هشتمین اجلاس سران کشورهای غیرمتعهد در هراره مجدداً به زیمبابوه سفر کرد. در این سفر در اجلاس سران سخنرانی کرد و با برخی از سران کشورهای غیرمتعهد دیدار و گفت‌وگو نمود[۲۲۵] . از ۲ تا ۶ اسفند ۱۳۶۷ به کشورهای یوگسلاوی و رومانی[۲۲۶] و از ۱۹ تا ۲۶ اردیبهشت ۱۳۶۸ به کشورهای چین و کره شمالی سفر کرد[۲۲۷] .
آیت‌الله خامنه‌ای در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ در چهل و دومین اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد شرکت کرد و در سخنرانی خود دیدگاهها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را برای سران دولتهای جهان تشریح نمود. این اولین حضور رئیس جمهور اسلامی ایران در مجمع عمومی سازمان ملل متحد بود[۲۲۸] . نکته‌ی حائز اهمیت در سفر به سازمان ملل، استقبال عظیم ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورک و اصحاب مطبوعات بین‌المللی از ایشان و فعالیتهای ایشان برای تبیین شرایط انقلاب اسلامی، جنگ تحمیلی و سیاستهای استکبار جهانی در قبال ایران بود. امامت نماز جمعه‌ی مسلمانان نیویورک و سخنرانی در خطبه‌های آن نیز از نکات جالب و با اهمیت این سفر بود.
از اقدامات دیگر آیت‌الله خامنه‌ای در زمینه‌ی سیاست خارجی می‌توان به برقراری ارتباط منسجم با گروههای سیاسی شیعی در افغانستان، عراق و لبنان و ایجاد تفاهم بین آنها و تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق اشاره کرد. به طوری که اختلاف بین آنها را به وحدت و اتحاد بر ضد دشمن مشترک‌شان تبدیل کرد. تشکیل حزب وحدت اسلامی از احزاب هشت‌گانه افغانستان که به رقابت زیان‌بار آنها پایان داد و نیز تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق از مصداق‌های مهم این رویکرد است. در این دوره، به دامنه‌ی حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، فلسطین، عراق و افغانستان افزوده شد و پشتیبانی ایران به احزاب و گروههای اسلامی در آن کشورها جایگاه منطقه‌ای و بین‌المللی قابل ملاحظه‌ای بخشید.
بازدیدها، دیدار و سفرهای استانی
دیدار با اقشار مختلف مردم، بازدید از مؤسسات و سازمانهای گوناگون، شرکت در مراسم افتتاح طرحها، شرکت در همایشها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌ها و اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. حفظ ارتباط با مردم به ویژه خانواده‌های شهدا از راهبردهای اساسی آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. بر این پایه ملاقات‌های مردمی ـ در مناسبت‌های مختلف ـ در دیدارهای با خانواده‌های شهدا، خصوصاً سرزدن به منازل آنان به عنوان یکی از برنامه‌های ثابت ایشان و ابتکار قابل توجه در نوع رابطه زمامداران و مردم محسوب می‌شود. همچنین، سفرهای آیت‌الله خامنه‌ای به استانها و مناطق مختلف کشور، با هدف ملاقات با اقشار مختلف مردم، به‌ویژه قشر محروم و آشنایی با مسائل و مشکلات آنها از نزدیک، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهرها و روستاها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن از جمله ابتکارات، فعالیتهای مستمر و مؤثر ایشان بود.
در ۱۶ دی ۱۳۶۶، امام خمینی در نامهای به آیت‌الله خامنه‌ای و ناظر به بیانات ایشان در خطبه‌های نماز جمعه‌ی تهران در موضوع حدود اختیارات حکومت اسلامی و ولایت فقیه، حکومت اسلامی را از احکام اولیه‌ی اسلام و مقدم بر تمام احکام فرعیه دانسته و ولایت فقیه را مطلقه عنوان نمود. آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به نامه‌ی امام، متابعت نظری و عملی خود را از دیدگاه امام اعلام نمود. همچنین در جلسه‌ای حضوری، مقصود خود از بیانات در خطبه‌های نماز جمعه را با امام خمینی مطرح کردند. امام خمینی نیز بلافاصله در همان روز به این نامه پاسخ داده و ضمن تقدیر از آیت‌الله خامنه‌ای، در بخشی از آن نوشتند: «اینجانب از سالهای قبل از انقلاب با جناب‌عالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جناب‌عالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری که آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جداً جانبداری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید» [۲۲۹] .
اولین رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام
در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام خمینی در پاسخ به نامه‌ی سران کشور (از جمله آیت‌الله خامنه‌ای)، در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند[۲۳۰] . بر این اساس، آیت‌الله خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص قرار گرفتند[۲۳۱] . ایشان این سمت را تا پایان دوره ریاست جمهوری عهده‌دار بود[۲۳۲] .
آیت‌الله خامنه‌ای در دوران هشت‌ساله‌ی ریاست جمهوری خود، همچون سالهای پس از پیروزی انقلاب یکی از نزدیکان، مشاوران و افراد مورد وثوق امام خمینی بود. به همین دلیل در موارد متعددی امام خمینی مأموریتهایی فراتر از وظایف ریاست جمهوری به ایشان محول نمودند و یا پیشنهادهای وی را در موضوعات مختلف پذیرفتند. در ۱۵ فروردین ۱۳۶۲ تمشیت امور ارتش و سپاه را به آیت‌الله خامنه‌ای واگذار کردند[۲۳۳] . در اول آبان ۱۳۶۲ ایشان را مأمور پیگیری مطالبات ایران از امریکا و سایر کشورها کرد[۲۳۴] . در اول آذر همین سال با پیشنهاد آیت‌الله خامنه‌ای در مورد تشکیل اداره‌ی حفاظت اطلاعات ارتش موافقت نمود[۲۳۵] . در ۹ دی ۱۳۶۲ ایشان را مأمور بررسی مجدد لایحه‌ی تعریزات کرد[۲۳۶] . امام در ۲۳ بهمن ۱۳۶۷ آیت‌الله خامنه‌ای را مأمور نمود از اعضای شورای‌عالی قضایی دعوت کند تا در جلسه‌ی سران سه‌قوه شرکت کرده و طرحهای خود را در زمینه‌ی تقسیم کار برای اداره‌ی بهتر آن شورا مطرح نمایند[۲۳۷] . در نهایت نیز با طرح مورد بررسی در جلسه‌ی سران سه‌قوه موافقت نمود[۲۳۸] . در ۱۹ اسفند ۱۳۶۷ نیز در نامهای او را مسئول رسیدگی به مشکلات عراقیهای مقیم ایران کرد[۲۳۹] .
حضور در شورای بازنگری قانون اساسی
امام خمینی در حکمی در ۴ اردیبهشت ۱۳۶۸ خطاب به حضرت آیت‌الله خامنه‌ای هیئتی متشکل از بیست نفر از جمله آیت‌الله خامنه‌ای را تعیین نمودند تا به همراه پنج نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی، شورای بازنگری قانون اساسی را تشکیل داده و به اصلاح، بازنگری و تکمیل قانون اساسی در موضوعات پنج‌گانه بپردازند[۲۴۰] . پس از تشکیل شورای مذکور آیت‌الله مشکینی به عنوان رئیس و آیت‌الله خامنه‌ای و اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان نایب رئیس اول و دوم شورا انتخاب شدند[۲۴۱] . شورا در طول چهل و یک جلسه در مورد پنج موضوع اصلی: شرایط رهبری، تمرکز در قوای مجریه و قضائیه، تمرکز در مدیریت صدا و سیما، چگونگی بازنگری احتمالی قانون اساسی در آینده و تعداد نمایندگان مجلس شورای اسلامی بحث و بررسی و تصمیم‌گیری نمود[۲۴۲] . این جلسات تا پس از رحلت امام خمینی ادامه داشت.
حیات سیاسی و اجتماعی
حیات سیاسی و اجتماعی
دوران مبارزات پیش از انقلاب
پیشینه‌ی فعالیتهای سیاسی ـ مذهبی خاندان آیت‌الله خامنه‌ای، در او زمینه‌ی تربیتی برای مبارزه‌ی سیاسی ـ مذهبی فراهم آورده بود. نقطه‌ی آغازین ورود به فعالیتهای سیاسی، دیدار او با سیدمجتبی نواب صفوی (میرلوحی) در مشهد بود که به بیان خود او اولین بارقه‌های انقلابی را در وی پدید آورد[۳۱] . نخستین دیدار وی با امام خمینی (ره) در سال ۱۳۳۶ش صورت گرفت اما چهره‌ی سیاسی امام خمینی برای اولین بار در جریان لایحه‌ی انجمنهای ایالتی و ولایتی برای ایشان مکشوف شد[۳۲] .
آیت‌الله خامنه‌ای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام خمینی در سال ۱۳۴۱ش وارد عرصه‌های گوناگون مبارزه با طاغوت شد. جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دوره‌ی قبل از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ آغاز کرد[۳۳] . در بهمن ۱۳۴۱، پس از همه‌پرسی لایحه‌ی انجمنهای ایالتی و ولایتی، آیت‌الله خامنه‌ای و برادرش سیدمحمد مأمور رساندن گزارش آیت‌الله محمدهادی میلانی به امام خمینی در قالب نامه در مورد واکنش مردم مشهد به این همه‌پرسی شدند[۳۴] .
نخستین دستگیری (ایام ۱۵ خرداد)
در سال ۱۳۴۲ و در آستانه‌ی ماه محرم، امام خمینی وی را مأمور ساخت پیامهایی را به آیت‌الله میلانی و علما، روحانیون و هیأتهای مذهبی خراسان در جهت تداوم نهضت و آگاه‌سازی مردم در قبال تبلیغات رژیم پهلوی انتقال دهد[۳۵] . امام خمینی در این پیامها خط‌مشی مبارزه را ترسیم کرده و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، ذکر واقعه‌ی مدرسه‌ی فیضیه از روز هفتم محرم در منابر خوانده شود[۳۶] . آیت‌الله خامنه‌ای خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خط‌مشی امام خمینی راهی بیرجند ــ که تحت نفوذ خاندان علم بود ــ شد و در منابر و مجالس آن شهر درباره‌ی حادثه‌ی مدرسه‌ی فیضیه و سلطه‌ی اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد[۳۷] . به دنبال این سخنرانیها، وی در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ مقارن با هفتم ماه محرم ۱۳۸۳، دستگیر و در مشهد زندانی شد[۳۸] . پس از آزادی وی، آیت‌الله محمدهادی میلانی از او دیدن کرد[۳۹] . آیت‌الله خامنه‌ای پس از آن با حضور در جلساتی که در منزل آیت‌الله میلانی به منظور تداوم نهضت اسلامی در غیاب امام خمینی ــ‌که در حصر به سر میبرد ـ تشکیل می‌شد، فعالیتهای سیاسی‌اش را تداوم بخشید[۴۰] . اندکی پس از آن به حوزه‌ی علمیه‌ی قم بازگشت و با کمک و همکاری برخی روحانیون مبارز به سازمان‌دهی مجدد فعالیتهای سیاسی از طریق جلسات مشورتی و تبلیغات پرداخت[۴۱] . او از جمله روحانیونی بود که در ۱۱ دی ۱۳۴۲ تلگرامی به آیت‌الله سید محمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی، که در حمایت از امام خمینی زندانی شده بودند، فرستاد[۴۲] . در همان زمان طلاب خراسانی حوزه‌ی علمیه‌ی قم با هدایت او، در اعتراض به ادامه‌ی حصر امام خمینی نامهای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت، نوشته و منتشر کردند که از جمله‌ی آنها خود ایشان و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند[۴۳] .
ایشان در بهمن ۱۳۴۲، مقارن با رمضان ۱۳۸۳ق برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد[۴۴] . سخنرانیهای او در مساجد زاهدان و استقبال مردمی از آن، رژیم را بر آن داشت که ایشان را دستگیر و به زندان قزل قلعه ـ که در آن زمان محل بازداشت زندانیان سیاسی و امنیتی بود ــ منتقل نماید[۴۵] . در ۱۴ اسفند ۱۳۴۲ قرار بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای به قرار التزام به عدم خروج از حوزه‌ی قضایی تهران تبدیل و ایشان از زندان آزاد شد[۴۶] . از این پس تا پیروزی انقلاب اسلامی فعالیتهای وی همواره تحت کنترل مأموران امنیتی قرار داشت.
تشکیل جلسه «یازده نفره» حوزه علمیه قم
آیت‌الله خامنه‌ای در پاییز ۱۳۴۳ از قم به مشهد بازگشت و در کنار مراقبت از پدر به فعالیتهای علمی و سیاسی پرداخت[۴۷] . او در زمره‌ی روحانیونی بود که اندکی پس از تبعید امام خمینی به ترکیه با نگارش نامهای به دولت وقت ــ دولت امیرعباس هویدا ــ در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام خمینی اعتراض کردند[۴۸] . سیدعلی خامنه‌ای به همراه عبدالرحیم ربانی شیرازی، علی فیض مشکینی، ابراهیم امینی، مهدی حائری تهرانی، حسینعلی منتظری، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی[۴۹] . اعضای گروه یازده نفر بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزه‌ی علمیه‌ی قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت. مبارزه بر مبنای فکر و عقیده بود و همین امر علت پیشرفت آن بود و روحانیون نیز به منزله‌ی بدنه و مغز متفکر مبارزه بودند. آنان در این مرحله از مبارزه به این نتیجه رسیده بودند که بدون تشکل، موفقیت کمتری خواهند داشت و وجود آن موجب می‌شود که از فروپاشی مبارزه توسط رژیم جلوگیری شود. این گروه در دوران تبعید امام خمینی، برنامه‌ریزی جریان مبارزات و تداوم آن را بر عهده گرفت. از این گروه به‌عنوان اولین تشکیلات سری حوزه‌ی علمیه‌ی قم یاد می‌شود، فعالیت این گروه در اواخر سال ۱۳۴۵ش توسط ساواک کشف و به دنبال آن برخی از اعضا دستگیر و برخی دیگر، از جمله آیت‌الله خامنه‌ای تحت تعقیب قرار گرفتند.
در کنار این، جلسه دیگری هم راه افتاده که بنیان جامعه مدرسین امروز است. «ما جزو کسانی هستیم که در اولین نشست‌های جامعه مدرسین عضو بودیم، شرکت داشتیم. هم بنده بودم، هم به نظرم آقای هاشمی بود... آقایان [علی] مشکینی، ربانی‌شیرازی، [ناصر] مکارم و... یک عده مسن‌ترها هم شرکت می‌کردند.»[۴۵]
این جلسه‌ها و تصمیماتی که در آن گرفته می‌شد، فضای حوزه علمیه قم را تغییر داد. پا به رکاب‌ها و دست‌اندرکاران این تصمیمات، کسانی غیر از اعضاء جلسه بودند؛ طلبه‌های جوان و علاقمند. این تحرکات فضای بسته و مغموم قم را باز کرد.
آیت‌الله خامنه‌ای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است[۵۰] . ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد اما موفق به دستگیری و بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای (مترجم کتاب) نشد[۵۱] . آیت‌الله خامنه‌ای در آن ایام مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود. اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضد رژیم از فعالیتش در کرج ممانعت به عمل آمد. در مسجد امیرالمؤمنین (ع) تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت.
سومین بازداشت
در پی دستگیری و تبعید آیت‌الله سید حسن قمی در فروردین ۱۳۴۶ که به دنبال سخنرانی ضد رژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیت‌الله خامنه‌ای از آیت‌الله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند[۵۲] . این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور او در مشهد اطلاع یافته و در ۱۴ فروردین همان سال، در مراسم تشییع جنازه‌ی آیت‌الله شیخ مجتبی قزوینی، وی را دستگیر کنند[۵۳] . او در ۲۶ تیر همان سال آزاد شد[۵۴] . اندکی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت. [۵۵]
آیت‌الله خامنه‌ای از طریق ارتباط با مبارزین در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به مبارزین و مبارزه، تربیت نسل‌های جدید مبارزین و انقلابیون براساس اندیشه اسلامی خصوصاً بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشه‌های مادیگرایانه مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشه اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام خمینی پرداخت و علیرغم مقابله رژیم پهلوی به موفقیت‌های زیادی دست یافت. نگاه چندبُعدی به مبارزه، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت امام خمینی و رسانه فراگیر منبر و عملگرایی‌اش، از برخی علل موفقیت ایشان بوده است.
در پی وقوع زمین‌لرزه‌ی ویرانگر جنوب خراسان در ۹ شهریور ۱۳۴۷ عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیت‌الله خامنه‌ای با هدف امداد و سامان‌دهی کمکهای مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند. این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبه‌رو شد اما گروه امداد اقدامات مؤثری در کمکرسانی به زلزله‌زدگان انجام داد. حضور و کمکرسانی دو ماهه‌ی آیت‌الله خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله‌زده از نزدیک آشنا شود و با آنان مأنوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئتهای مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین کند. این فعالیتها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد[۵۶] . او در اواخر دی‌ماه همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام خمینی (ره) اقدام کرد اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه‌رو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع‌الخروج بود. [۵۷]
آیت‌الله خامنه‌ای به اتهام عضویت در گروه یازده نفره به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه‌ی کیهان و احضار آیت‌الله خامنه‌ای به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری ورزید[۵۸] . او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضلالله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت[۵۹] . او با تشکیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون درباره‌ی اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم‌گیری و اقدام میکرد[۶۰] .
آیت‌الله خامنه‌ای با نگاه عقیدتی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم برآن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد. او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای اقشار مختلف مردم می‌کوشید مبانی دینی ـ اعتقادی آنان را تقویت نماید. او معتقد بود تحقق آرمانهای اسلامی در بستری از کوششهای فرهنگی ممکن است و خیزشهای مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد. جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاهها تلقی می‌شد. این رویکرد را در واکنش به فعالیتهای جریانهای سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی، ضروری می‌دانست. در این زمینه فعالیتهای علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفکران اسلامی در سال ۱۳۴۸ برگزار کرد[۶۱] .
سخنرانیها در حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران
آیت‌الله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفکران و کانونهای روشنفکری مشهور در عرصه‌ی مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت. وی در سال ۱۳۴۸ به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانیهایی در برخی مراکز فعال سیاسی ـ اسلامی در تهران از جمله حسینیه‌ی ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد[۶۲] . سخنرانیهای وی در حسینیه‌ی ارشاد که در اواخر سال ۱۳۴۸ و به دنبال دعوت آیت‌الله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجد الجواد تهران، به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانش‌آموزان داشت[۶۳] . آیت‌الله خامنه‌ای در بهار ۱۳۴۹ در جهت عمق بخشیدن به روند نهضت اسلامی و تقویت بن‌مایه‌های عقیدتی مبارزه با رژیم پهلوی، سلسله جلساتی را پایه‌گذاری کرد که در آن ایده‌ی مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سید محمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، مهدی بازرگان، اکبر هاشمی رفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله‌جلسات به تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید[۶۴] .
با درگذشت آیت‌الله سید محسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیت‌الله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیت‌الله خامنه‌ای ضمن گرامی‌داشت مقام فقهی و علمی آیت‌الله حکیم و ارسال پیامهای تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد. در همان ایام و به دنبال شهادت آیت‌الله سید محمدرضا سعیدی در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ توسط ساواک که از مهمترین مروجین امام خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنشهای مردمی در اعتراض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد. بر اثر جریان‌سازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از امام خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند[۶۵] . به دنبال آن و با گسترش دامنه‌ی اعتراضات و مبارزات [۶۶] ساواک مشهد در ۲ مهر ۱۳۴۹ دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان ـ تنها زندان امنیتی مشهد ـ بازداشت کرد[۶۷] . در محرم ۱۳۹۱/ اسفند ۱۳۴۹ با آنکه نام آیت‌الله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک قرار گرفته بود وی سخنرانیهایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد[۶۸] . آیت‌الله خامنه‌ای در سال ۱۳۵۰ به دعوت آیت‌الله طالقانی سخنرانیهایی در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، ایراد کرد[۶۹] .
سه مرتبه بازداشت در سال ۱۳۵۰
در پی تحریم جشنهای ۲۵۰۰ ساله از سوی امام خمینی[۷۰] ساواک مراقبتهای شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت. بر این اساس وی در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد[۷۱] . او پس از آزادی، فعالیتهای خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان ۱۳۵۰ که به بازداشت کوتاه‌مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید. دیگری در ۲۱ آذر همان سال که به اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به سه ماه حبس محکوم گردید[۷۲] .
وی پس از آزادی، فعالیتهای سیاسی ـ اجتماعی خود را گسترش داد و بارها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانیهایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسه‌ی میرزاجعفر و مسجد امام حسن (ع) و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت. مخاطب او در این جلسات دانش‌آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروههایی از اقشار مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعدها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی‌بخشی پرداختند. گزارشهای جلسات سخنرانی و درس او بارها از سوی مأموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی چون آیت‌الله خامنه‌ای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی می‌شدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشه‌های مبارزاتی امام خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند[۷۳] .
آیت‌الله خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله‌جلسات درس اصول عقاید را، که هفته‌ای یک بار در روزهای سه‌شنبه برگزار می‌شد، دایر کرد[۷۴] . در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیرش در مسجد امام حسن (ع) و منزلش را تعطیل کرد[۷۵] . آیت‌الله خامنه‌ای در آذر ۱۳۵۲ محل اقامه‌ی نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کرد[۷۶] . ساواک مشهد در واکنش به فعالیتهای سیاسی گسترده‌ی او، او را از اقامه‌ی نماز جماعت در آن مسجد باز داشت[۷۷] .
زندان ششم؛ سخت‌ترین دوره حبس
در آبان ۱۳۵۳ به دعوت آیت‌الله محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری آیت‌الله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانونهای مهم مبارزه اقدام کرد[۷۸] . به دنبال آن، منزل آیت‌الله خامنه‌ای هم در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره‌ی ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان‌دهی مبارزه و استفاده از فرصتها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود[۷۹] . در نهایت آیت‌الله خامنه‌ای در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته‌ی مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردید[۸۰] و به گفته خود دشوارترین و سخت‌ترین وضعیت حبس خود را تجربه کرد.او در حبس، اجازه‌ی ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود[۸۱] .
او در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه‌ی جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود[۸۲] . اما او به‌رغم همه‌ی محدودیتهای سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیتها و اقدامات روشنگرانه‌ی انقلابی خود را به صورت مخفیانه پیگرفت و پرداخت شهریه‌ی امام خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد[۸۳] . در اواخر سال ۱۳۵۴ مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه‌ی اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد. او در خرداد ۱۳۵۵، به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمکرسانی به مردم سیل‌زده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه‌ی عوضیه‌ی آن شهر به امدادرسانی پرداختند[۸۴] .
در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره‌ی فعالیتهای سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ در مشهد وجود دارد که به طرف‌داری از امام خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداخته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای در محرم ۱۳۹۶/دی ۱۳۵۵ سخنرانیهایی علیه رژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله‌جلسات مباحثه درباره‌ی تبیین فضای فکری ـ فرهنگی، به‌ویژه برای دانشجویان و جوانان[۸۵] و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید[۸۶] . از سوی دیگر، ساواک هم می‌کوشید برای به دست آوردن مستنداتی علیه او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند[۸۷] . به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آیت‌الله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور داشت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینه‌اش با شریعتی و پدرش بود[۸۸] .
تبعید به ایرانشهر
به دنبال درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کرد[۸۹] . همان ایام به همراه عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره کردند[۹۰] . با درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله‌ی نهایی خود شد و حرکتهای جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.
او در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامهای به آیت‌الله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه‌ی رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه‌ی مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را گرامی داشت[۹۵] . این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید[۹۶] .
وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا آیت‌الله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده‌دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمکهای مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب و در بین سیل‌زده‌ها تقسیم کند[۹۷] .آیت‌الله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره‌ی نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخدادها قرار می‌گرفت و با نامه‌نگاریهای گوناگون در بسیاری از تصمیم‌گیریهای جمعی علما مشارکت میکرد.
تبعید به جیرفتبا اوج‌گیری انقلاب اسلامی در آستانه‌ی ماه رمضان، ۲۸ شعبان ۱۳۹۸/ ۲۸ تیر۱۳۵۷، شماری از طلاب حوزه‌ی علمیه‌ی مشهد به ادامه‌ی تبعید آیت‌الله خامنه‌ای اعتراض و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت مأموران انتظامی انجامید[۹۸] . گسترش فعالیتهای انقلابی و مردمی آیت‌الله خامنه‌ای در راستای جهت‌دهی و سامان‌دهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یک سو، و محبوبیت و نفوذ روزافزون وی در میان اقشار مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دورافتاده و دارای محدودیتهای بیشتری بود، تغییر دهند. لذا وی در ۲۲ مرداد به جیرفت انتقال یافت[۹۹] .
مبارزات سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری علیه حکومت پهلوی پرداخت. یکی از سخنرانیها، که در ۱۵ شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد[۱۰۰] . این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود. او در شمار روحانیون تبعیدی‌ای بود که در نامهای به آیت‌الله سیدعبدالحسین دستغیب، ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه دادند[۱۰۱] . وی در این دوره، مخفیانه عازم کهنوج شده، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای ایراد کرد[۱۰۲] .
بازگشت به مشهدبا گسترش مبارزات مردمی و ازهم‌گسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیت‌الله خامنه‌ای در اول مهر ۱۳۵۷ از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیتهای خود را در امر سامان‌دهی امور انقلاب و تشدید روند مبارزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد[۱۰۳] . در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارز مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده‌ی راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامه‌ی مبارزه صادر کند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند[۱۰۴] .
فعالیتهای مبارزاتی آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان‌دهی حرکتها و تظاهرات مردمی، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد[۱۰۵] . در عین حال با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سید احمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با آیت‌الله صدوقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیت‌الله خامنه‌ای را اعلام کرد[۱۰۶] . آیت‌الله خامنه‌ای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعدآباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد[۱۰۷] . او در آخرین روزهای آبان همراه با سیدعبدالکریم هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستانهای قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهرها همت گماشت. فعالیتهای روزافزون و تأثیرگذار آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند. در گزارشهای ساواک از آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته‌ی انقلاب در خراسان نام برده شده است[۱۰۸] .
سخنرانی عاشورای ۵۷ در حرم امام رضاوی در ۱۹ و ۲۰ آذر ۱۳۵۷ هم‌زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راه‌پیمایان مشهد ایراد کرد و خطبه‌ی شب عاشورا را در حرم مطهر امام‌رضا (ع) به نام امام خمینی خواند و با این اقدام انقلابی تابوی سنتی حکومت پهلوی را که تا پیش از آن، مراسم مذکور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا میکرد، در هم شکست[۱۰۹] . همچنین او در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را سامان‌دهی کرد و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت[۱۱۰] . وی در شمار روحانیونی بود که در ۲۴ آذر در اعتراض به حمله‌ی مأمورین رژیم پهلوی به بیمارستان شاهرضای مشهد (امام رضا (ع) کنونی) برنامه‌ی تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد[۱۱۱] . در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند[۱۱۲] . متحصنین با صدور اعلامیه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند[۱۱۳] و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام خمینی تأکید کردند. این اقدام آنان بازتاب گستردهای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آنها در سراسر ایران منتشر شد[۱۱۴] .
تظاهرات ۹ دی ۵۷ مشهد
آیت‌الله خامنه‌ای در ۹ دی ۱۳۵۷ به همراه عده‌ای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند. اما علیرغم تلاشهای مسالمت‌آمیز آنها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابانها ریخته و برخی ساختمانها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد از جمله آیت‌الله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل‌عام مردم تظاهرکننده فاجعه‌ی یکشنبه‌ی خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷ را به بار آوردند[۱۱۵] . به دنبال وقوع این حوادث، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیون مبارز مشهد در محکومیت این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر کردند[۱۱۶] .
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند[۱۱۷] . آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بودند با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک و در اواخر دی ۱۳۵۷ به تهران آمد و در مدرسه‌ی رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به‌ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله‌ی نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت[۱۱۸] . پس از تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی[۱۱۹] مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات آن را عهده‌دار شد.
تحصن در مسجد دانشگاه تهران
به دنبال بسته شدن فرودگاههای کشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام خمینی به ایران، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه آیت‌الله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سرشناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را سامان‌دهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت[۱۲۰].
در لحظه‌ی تاریخی ورود امام خمینی به میهن در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ آیت‌الله خامنه‌ای، به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت. در طول دهه‌ی فجر انقلاب اسلامی، آیت‌الله خامنه‌ای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت‌طلبی‌های احزاب و گروههای گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام «امام» بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر کرد[۱۲۴] .
۲.۳. دهه‌ی اول انقلاب اسلامی: بهمن ۱۳۵۷ - خرداد ۱۳۶۸۱.۲.۳. فعالیتهای سیاسی
شورای انقلاب
یکی از نخستین عرصه‌های نقش‌آفرینی آیت‌الله خامنه‌ای در روند تکون نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر۱۳۵۷ و ظهور نشانه‌های پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحله‌ی انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی به‌تدریج انتخاب شدند، اما به لحاظ رعایت ملاحظات مختلف به‌صورت رسمی در آستانه‌ی پیروزی انقلاب در ۲۲ دی ۱۳۵۷ اعلام گردید[۱۲۵] .
نخستین اعضای شورا آقایان مرتضی مطهری، سید محمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی، سیدعلی خامنه‌ای و محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند. در ادامه کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت آن درآمدند[۱۲۶] . آیت‌الله خامنه‌ای در اواخر دی ماه در این جلسات حضور پیدا کرد[۱۲۷] . شورا در این مقطع، تصمیم‌گیریهای مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت. از جمله‌ی آنها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی، از جمله آمریکا و نیز تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی بود[۱۲۸] . اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به عنوان رئیس دولت موقت به امام خمینی بود[۱۲۹] .
پس از پیروزی انقلاب آنچه برعهده شورای انقلاب قرار داشت عبارت بود از: قانون‌گذاری در غیاب قوه‌ی مقننه، انجام بخشی از وظایف قوه‌ی مجریه پس از ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در تیر ۱۳۵۸ و انجام همه آن پس از استعفای دولت موقت در ۱۴ آبان ۱۳۵۸ تا پس از آن. در کنار این وظایف اصلی، مرجعی برای رفع معضلات و بحرانهای پیشِ رویِ نظام نوپای جمهوری اسلامی و مشاوره برای امام نیز بود[۱۳۰] . به رغم تغییر چندین‌باره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانه‌ی آن تا پایان فعالیتش در ۲۹ تیر ۱۳۵۹ آیت‌الله خامنه‌ای عضو ثابت ان باقی ماند[۱۳۱] . ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهت‌دار اعضای موسوم به «لیبرال» شورا، هشدارهای مکرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب توده ایران و دیگر احزاب و گروههای مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصه‌ی فرهنگ کشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود[۱۳۲] .او معتقد بود که در شورای انقلاب باید از اقشار گوناگون جامعه نمایندهای حضور داشته باشد[۱۳۳] . مسائل کردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی در شورای انقلاب بود. او بر این عقیده بود که دولت موقت در قضیه کردستان ضعف نشان داده و باید آن را از راههای مختلف حل کرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی کشور جلوگیری نمود[۱۳۴] . در مورد منطقه‌ی سیستان و بلوچستان نیز براساس از تجربه‌ی حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تأکید داشت[۱۳۵] . در این زمینه در ۹ فروردین ۱۳۵۸ از سوی امام خمینی مأموریت یافت در رأس هیأتی عازم آن منطقه شود تا به خواستها و مشکلات مردم رسیدگی و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه کند[۱۳۶] . در این سفر، افزون بر مأموریت یادشده، با برخی از سران و متنفذین محلی منطقه دیدار و سیاستهای نظام جمهوری اسلامی را برای آنها تشریح و تبیین کرد.
حمایت از تأسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود[۱۳۷] . معاونت شهید چمران
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ برخی اعضای شورای انقلاب از سوی آن شورا به برخی از وزارتخانه‌های حساس راه یافتند و از آن جمله آیت‌الله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید. در این زمان دکتر مصطفی چمران وزیر دفاع بود[۱۳۸] . همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوه‌ی مجریه صورت گرفت ایشان به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولیت کلیه‌ی امور انتظامی، نظامی و امنیتی، از جمله بحرانهای گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروههای ضدانقلاب را بر عهده داشت، انتخاب گردید[۱۳۹] .
از دیگر مأموریت‌های وی از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۳ آذر ۱۳۵۸ بود[۱۴۰] . وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت میکرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماههای پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته بود و با تلاشهای میانجیگرانه به نتیجه نرسیده بود[۱۴۱] . وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی، به‌ویژه سپاه بود، در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او در ۵ اسفند ۱۳۵۸ از مسئولیت سرپرستی سپاه به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دورۀ مجلس شورای اسلامی استعفا داد[۱۴۲] .
تاسیس حزب جمهوری اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، هم‌زمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره‌ی گذار[۱۴۳] ، به‌همراه سید محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت میکرد[۱۴۴] . این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ رسماٌ اعلام موجودیت کرد اما پایه‌های تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ بر می‌گردد که در آن برخی از مبارزان از جمله مؤسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی در صدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه‌ی اسلامی بودند[۱۴۵] . بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماههای منتهی به پیروزی انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانیها بر عهده داشت که فعالیت آیت‌الله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود[۱۴۶] .
دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی
پس از آیت‌الله بهشتی و دکتر باهنر ـ اولین و دومین دبیرکل حزب ـ آیت‌الله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد[۱۴۹] . در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه‌ی ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت میکرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود[۱۵۰] .
ایشان هم‌زمان با دوره‌ی دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را بر عهده داشت. در این دوره فعالیتهای حزب به دلایل مختلف، از جمله: رفع بحرانهای سالهای اولیه‌ی انقلاب، تأسیس نهادها و سازمانهای مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال شخصیتهای محوری حزب از جمله آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیانگذاران مؤثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت‌بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح‌بندیها در درون حزب، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیه‌ی خود را نداشت[۱۵۴] . لذا آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش نامهای به امام خمینی و ذکر دلایل یادشده، به ویژه پیدایش و تشدید جناح‌بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیتهای آن شدند[۱۵۵] . امام خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیتهای حزب تعطیل شد[۱۵۶] .
امامت جمعه‌ی تهرانامام خمینی در ۲۴ دی ۱۳۵۸ آیت‌الله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند[۱۵۷] . ایشان نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کردند[۱۵۸] . از این تاریخ تا واقعه‌ی ۶ تیر۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به ایشان سوء قصد و بر اثر آن به شدت مجروح گردیدند، به جز مقطع ۲۱ بهمن تا ۶ اسفند ۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر میبرد، نماز جمعه‌ی تهران را اقامه کردند[۱۵۹] . پس از آن نیز همواره این سمت را بر عهده داشت.
اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه‌ی جمعه به منظور انسجام شبکه‌ی امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه‌ی فیضیه‌ی قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد[۱۶۰] . وی در خطبه‌های نماز جمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهمترین و قاطع‌ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده و همچنین، به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلام بود، از ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بوده است.
مایندگی در مجلس شورای اسلامیآیتالله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دوره قانون‌گذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعه‌ی روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد[۱۶۱] و از حوزه‌ی انتخابیه‌ی تهران وارد مجلس شد. در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود.
در مدت ریاست ایشان طرحها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد که از مهمترین آنها می‌توان تأمین نیازمندیهای استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئله‌ی کردستان، مسائل مرزی، مسئله‌ی بلوچستان و سازمان‌دهی نوین ارتش را نام برد[۱۶۲] . از موضع‌گیریهای مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد[۱۶۳] . با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶ تیر ۱۳۶۰ در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر ۱۳۶۰ قوه‌ی مقننه را ترک گفت.
حضور در دفاع مقدسآیتالله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ بصورت فعالانه به ایفای نقش پرداخت.
ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه و از رادیو به اطلاع مردم رساند[۱۶۴] . در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت. و آنگاه که قرار شد یک نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین کسی که این پیشنهاد را پذیرفت آیت‌الله خامنه‌ای بود[۱۶۵] . در ۵ مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه امام خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت[۱۶۶] تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه‌ی مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند[۱۶۷] . بر این اساس عازم جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن در جبهه غرب حاضر شد. ولی حضور جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانیهای لازم، مستمر بود[۱۶۸] .
وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کرد. پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیتهای ایشان در صحنه‌ی نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبهه‌ها صرف هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگهای نامنظم ــ که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود ــ می‌شد[۱۶۹] . از اقدامات ویژه‌ی این ستاد که آیت‌الله خامنه‌ای مستقیماً در آن نقش داشت، تشکیل گروههای نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه‌ی نیازمندیهای فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود[۱۷۰] . از دیگر تلاشهای ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود[۱۷۱] .
نمایندگی امام در شورای عالی دفاعبه فرمان امام خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه‌ی امور جنگ شد[۱۷۲] و آیت‌الله خامنه‌ای که براساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده‌ی ایشان در این شورا[۱۷۳] و نیز سخنگوی آن بود[۱۷۴] . در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود[۱۷۵] . وی معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره‌ی مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه‌ی مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رسانید[۱۷۶] .
عملیات شکست حصر آبادان
در عملیات شکستن حصر آبادان[۱۷۷] حضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامهای به ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشت و هشدار داد که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد. اما، بنی‌صدر به آن هشدار توجهی نکرد[۱۷۸] .
جنگ، مهمترین موضوع دوران ریاست جمهوری
در دو دوره‌ی ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهمترین موضوع کشور بود. از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ تحولاتی در صحنه‌ی جنگ پیش آمد و در مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از بیشتر سرزمینهای اشغال‌شده بیرون رانده شدند و با وحدت‌نظر مسئولان ارشد کشور ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع سلسله عملیات‌های نظامی، طراحی و اجرا شد. هم‌زمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیک ایران در عرصه‌ی بین‌المللی نیز بیشتر و فعالتر شد.
همچنین که آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور به‌کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندیهای جبهه‌های جنگ تشکیل شد[۱۸۱] . امام خمینی در پاسخ به استعلام ایشان در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کرد[۱۸۲] .
در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، و با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پذیرش قطعنامه ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست آیت‌الله خامنه‌ای و با حضور مسؤولان عالی‌رتبه نظام در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ به تصویب رسید و امام خمینی نیز بر آن صحه گذاشت[۱۸۳] .امام خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و ناگوار و صرفاً به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد: «قبول این مسئله برای من از زهر کشنده‌تر است؛ ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم... در قبول این قطعنامه فقط مسئولین کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفته‌اند. و کسی و کشوری در این امر مداخله نداشته است» [۱۸۴] . به دنبال این تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور در نامهای در تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه‌ی ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد[۱۸۵] .
۲.۲.۳. فعالیتهای ارشادی و تبیینیبخش مهمی از فعالیتهای سیاسی و مذهبی آیت‌الله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب اسلامی تا انتخاب به ریاست جمهوری، فعالیتهای ارشادی به منظور نهادینه کردن و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.
توصیه امام به دانشجویان برای رجوع به آیت‌الله خامنه‌ای
به دنبال شهادت آیت‌الله مرتضی مطهری و خلائی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیت‌الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروههای مخالف نظام جمهوری اسلامی، به‌ویژه مارکسیستها در محیط دانشگاهی تعیین کرد[۱۸۶] .
جلوگیری از انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی
اقدام دیگر او مقابله با تلاشهایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شکل‌گیری بود. بدین نحو که نامهای به امضای پانزده نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اظهار نظر ایشان، انحلال مجلس مزبور را به مردم اطلاع دهند و اگر امام خمینی مخالفتی کرد به صورت دسته‌جمعی استعفا کنند[۱۸۸] .
سفر تبلیغی به هند
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن پانزدهم هجری قمری نیز بود بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئتهای گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاههای جمهوری اسلامی ایران و ویژگی‌های انقلاب اسلامی را برای ملتها، به ویژه ملتهای مسلمان تشریح و تبیین کنند. آیت‌الله خامنه‌ای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را بر عهده گرفت.
مقابله با لیبرالها و بنی‌صدر
یکی از مسائل مهم جامعه‌ی ایران در سالهای اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرالها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی از جمله آیت‌الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره‌ی شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی‌صدر بود.
آیت‌الله خامنه‌ای از ۱۳۵۸ تا اول تیر ۱۳۶۰ در موارد گوناگون علیه جناح لیبرال و ملی‌گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی امریکا در ایران و تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت کرد[۱۹۶] . در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزراء و مسئله‌ی پاکسازی در ادارات و سازمانهای دولتی نیز با انتخاب افرادی که در خط انقلاب نبودند و طرف‌دار خط سازش با امریکا و یا رابطه داشتن با کشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت میکرد[۱۹۷] .
۳.۲.۳. ترور نافرجام توسط منافقینآیتالله خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد[۱۹۸] . امام خمینی، در پیامی خطاب به ایشان توطئه‌ی سوء‌قصد به جان وی را محکوم کرد و از ایشان تجلیل نمود[۱۹۹] . بر اثر این سوء قصد، ایشان از ناحیه‌ی سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دید. گزارشهای غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند[۲۰۰] . آیت‌الله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شد. در ۱۸ مرداد ۱۳۶۰ از بیمارستان مرخص شد و مجدداً به صحنه‌ی اجتماع و سیاست بازگشت و از ۲۶ مرداد ۱۳۶۰ در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد[۲۰۱] .
۳.۳. دوران ریاست جمهوری
دور اول - انتخاب به عنوان ریاست جمهوری با ۹۵ درصد آرا
پس از شهادت محمدعلی رجایی ـ دومین رئیس جمهور اسلامی ایران ـ شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و علیرغم مخالفت ایشان، وی را به عنوان نامزد ریاست جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که سابقاً با تصدی روحانیون برای ریاست جمهوری موافق نبودند با نامزدی ایشان موافقت کردند[۲۰۲] .
در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ علی‌اکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد[۲۰۷] ، ولی وی در رأی‌گیری روز ۳۰ مهر ۱۳۶۰ نتوانست آرای اکثریت نمایندگان را کسب نماید[۲۰۸] . در ۴ آبان ۱۳۶۰ میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامه‌ی جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجه‌ی دولتهای رجایی، باهنر و مهدوی کنی[۲۰۹] بود به عنوان نخست‌وزیر به مجلس معرفی کرد[۲۱۰] . او توانست در ۶ آبان ۱۳۶۰ آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند[۲۱۱] .
آیت‌الله خامنه‌ای ریاست جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که نهاد ریاست جمهوری از ساختار مناسبی برخوردار نبود. گروههای مشاور و کارگروهها برای کمک به رئیس‌جمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس‌جمهور پدید می‌آورد. به تدریج، دفتر ریاست جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت[۲۱۲] . آیت‌الله خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاشهای خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس جمهور و نهاد ریاست جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس جمهور که کاستی آن به‌ویژه در تعامل با نخست‌وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید[۲۱۳] . سرفصل برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای در دوره‌ی چهارساله‌ی اول ریاست جمهوری عبارت از: اهتمام به امور مربوط به جنگ تحمیلی، نیل به سیاستهای اقتصادی به سوی حمایت از مستضعفان و دورافتادگان از مرکز، طاغوت‌زدایی از همه‌ی شئون زندگی اداری، اجتماعی و سیاسی مردم ایران، کشف و به کارگیری استعدادهای انسانی در همه‌ی عرصه‌ها از تکنیک تا هنر، تأمین امنیت اجتماعی، اداری و قضایی برای ارائه‌ی خدمت مؤثر به مردم، تأمین امنیت و آزادی همه‌ی افراد وفادار به نظام جمهوری اسلامی با هر اندیشه و تفکر[۲۱۴] . در دوره‌ی چهارساله‌ی دوم نیز ضمن ادامه‌ی برنامه‌های دوره‌ی اول که در رأس آنها جنگ تحمیلی قرار داشت، تدوین لایحه‌ی اختیارات ریاست جمهوری، کاهش تصدی‌گری دولت و واگذاری امور به مردم، به کار گماردن مسئولین لایق، انقلابی و کارآمد در دولت، رفع فقر مزمن و طولانی‌مدت حاکم بر جامعه و زندگی مردم، واگذاری زمینهای کشاورزی به مردم، واگذاری صنایع دولتی به بخش تعاونی، سهیم‌شدن کارگران در کارخانه‌ها، گسترش و توسعه‌ی صادرات غیرنفتی و کاهش اتکای کشور به درآمد نفت، مشارکت مردم در امور اقتصادی و فرهنگی کشور با نظارت دولت، سوق دادن سیاست فرهنگی کشور به سوی استقلال فرهنگی از اهم برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای بود[۲۱۵] .
در عرصه‌ی سیاست و روابط خارجی برنامه‌ی ایشان شامل اتخاذ سیاست مستقل و متوازن در قبال هر یک از کشورهای جهان و تصمیم‌گیری برمبنای مصالح نظام و کشور همراه با قاطعیت و صراحت، عدم وابستگی به شرق و غرب[۲۱۶] ، اهمیت دادن به وحدت میان مسلمانان جهان، اهتمام جدی در بازپس گرفتن حقوق مسلمانان جهان از قدرتهای جهانی و مبارزه‌ی مستمر با هرگونه اقدام و حرکتی در جهت سلطه‌ی ابرقدرتها در منطقه، اهتمام جدی به مسئله‌ی قدس و دیگر سرزمینهای غصب‌شده‌ی فلسطین و آمادگی برای مبارزه‌ی همه‌جانبه با دشمن صهیونیست، بازگشت به فرهنگ غنی و اصیل اسلامی در عرصه‌ی بین‌المللی به عنوان سد راه دشمنان و غارتگران، افزایش فعالیت و حضور مؤثر در صحنه‌های بین‌المللی بود[۲۱۷] .
باتوجه به تجربه مشکلات و اختلاف‌نظرها با نخست‌وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست جمهوری مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی ایشان دانستند، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت[۲۱۸] .
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس‌جمهور، و در آستانه‌ی انتخاب نخست‌وزیر آنگاه که معلوم شد آیت‌الله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخست‌وزیر درصدد معرفی فرد دیگری برای نخست‌وزیری است برخی نظامی‌ها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست‌وزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفتند و به آیت‌الله خامنه‌ای حکم کردند که مهندس موسوی را به عنوان نخست‌وزیر معرفی کند. آیت‌الله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و علیرغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد[۲۱۹] . در دوره‌ی دوم ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای اختلافات رئیس جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
۱.۳.۳. فعالیتهای سیاسی و فرهنگی در دوران ریاست جمهوری
ترمیم تشکیلات انقلاب فرهنگی
در ۸ شهریور ۱۳۶۲ آیت‌الله خامنه‌ای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس حکم امام خمینی عهده‌دار شد. امام این حکم را در پاسخ به استعلام ایشان به مناسبت بازگشایی دانشگاهها صادر کرد[۲۲۰] . همچنین، دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام امام خمینی در ۱۹ آذر ۱۳۶۳، صورت داد[۲۲۱] . در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد و رئیس‌جمهور رئیس این شورا شد[۲۲۲] . آیت‌الله خامنه‌ای این سمت را تا پایان دومین دوره‌ی ریاست جمهوری خود در تیر ۱۳۶۸ عهده‌دار بود و در این سالها در تدوین سیاستهای مهم فرهنگی کشور نقش مؤثری ایفا نمود[۲۲۳] .
در دوران هشت ساله‌ی ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای دستگاه سیاست خارجی و دیپلماسی ایران فعالتر شد. یکی از شاخصهای توسعه‌ی سیاست و روابط خارجی، سفرهای رئیس‌جمهور به کشورهای مختلف برای توسعه روابط بود که در دوره‌ی اول ریاست جمهوری شروع شد و در دوره‌ی دوم توسعه یافت[۲۲۴] . ایشان در دوره‌ی اول ریاست جمهوری از ۱۵ تا ۲۰ شهریور ۱۳۶۳ به کشورهای سوریه، لیبی و الجزایر و در دوره‌ی دوم از ۲۳ دی تا ۳ بهمن ۱۳۶۴ به کشورهای آسیایی و آفریقایی پاکستان، تانزانیا، زیمبابوه، آنگولا و موزامبیک سفر نمود. از ۱۱ تا ۱۵ شهریور ۱۳۶۵ برای شرکت در هشتمین اجلاس سران کشورهای غیرمتعهد در هراره مجدداً به زیمبابوه سفر کرد. در این سفر در اجلاس سران سخنرانی کرد و با برخی از سران کشورهای غیرمتعهد دیدار و گفت‌وگو نمود[۲۲۵] . از ۲ تا ۶ اسفند ۱۳۶۷ به کشورهای یوگسلاوی و رومانی[۲۲۶] و از ۱۹ تا ۲۶ اردیبهشت ۱۳۶۸ به کشورهای چین و کره شمالی سفر کرد[۲۲۷] .
آیت‌الله خامنه‌ای در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ در چهل و دومین اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد شرکت کرد و در سخنرانی خود دیدگاهها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را برای سران دولتهای جهان تشریح نمود. این اولین حضور رئیس جمهور اسلامی ایران در مجمع عمومی سازمان ملل متحد بود[۲۲۸] . نکته‌ی حائز اهمیت در سفر به سازمان ملل، استقبال عظیم ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورک و اصحاب مطبوعات بین‌المللی از ایشان و فعالیتهای ایشان برای تبیین شرایط انقلاب اسلامی، جنگ تحمیلی و سیاستهای استکبار جهانی در قبال ایران بود. امامت نماز جمعه‌ی مسلمانان نیویورک و سخنرانی در خطبه‌های آن نیز از نکات جالب و با اهمیت این سفر بود.
از اقدامات دیگر آیت‌الله خامنه‌ای در زمینه‌ی سیاست خارجی می‌توان به برقراری ارتباط منسجم با گروههای سیاسی شیعی در افغانستان، عراق و لبنان و ایجاد تفاهم بین آنها و تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق اشاره کرد. به طوری که اختلاف بین آنها را به وحدت و اتحاد بر ضد دشمن مشترک‌شان تبدیل کرد. تشکیل حزب وحدت اسلامی از احزاب هشت‌گانه افغانستان که به رقابت زیان‌بار آنها پایان داد و نیز تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق از مصداق‌های مهم این رویکرد است. در این دوره، به دامنه‌ی حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، فلسطین، عراق و افغانستان افزوده شد و پشتیبانی ایران به احزاب و گروههای اسلامی در آن کشورها جایگاه منطقه‌ای و بین‌المللی قابل ملاحظه‌ای بخشید.
بازدیدها، دیدار و سفرهای استانی
دیدار با اقشار مختلف مردم، بازدید از مؤسسات و سازمانهای گوناگون، شرکت در مراسم افتتاح طرحها، شرکت در همایشها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌ها و اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. حفظ ارتباط با مردم به ویژه خانواده‌های شهدا از راهبردهای اساسی آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. بر این پایه ملاقات‌های مردمی ـ در مناسبت‌های مختلف ـ در دیدارهای با خانواده‌های شهدا، خصوصاً سرزدن به منازل آنان به عنوان یکی از برنامه‌های ثابت ایشان و ابتکار قابل توجه در نوع رابطه زمامداران و مردم محسوب می‌شود. همچنین، سفرهای آیت‌الله خامنه‌ای به استانها و مناطق مختلف کشور، با هدف ملاقات با اقشار مختلف مردم، به‌ویژه قشر محروم و آشنایی با مسائل و مشکلات آنها از نزدیک، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهرها و روستاها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن از جمله ابتکارات، فعالیتهای مستمر و مؤثر ایشان بود.
در ۱۶ دی ۱۳۶۶، امام خمینی در نامهای به آیت‌الله خامنه‌ای و ناظر به بیانات ایشان در خطبه‌های نماز جمعه‌ی تهران در موضوع حدود اختیارات حکومت اسلامی و ولایت فقیه، حکومت اسلامی را از احکام اولیه‌ی اسلام و مقدم بر تمام احکام فرعیه دانسته و ولایت فقیه را مطلقه عنوان نمود. آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به نامه‌ی امام، متابعت نظری و عملی خود را از دیدگاه امام اعلام نمود. همچنین در جلسه‌ای حضوری، مقصود خود از بیانات در خطبه‌های نماز جمعه را با امام خمینی مطرح کردند. امام خمینی نیز بلافاصله در همان روز به این نامه پاسخ داده و ضمن تقدیر از آیت‌الله خامنه‌ای، در بخشی از آن نوشتند: «اینجانب از سالهای قبل از انقلاب با جناب‌عالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جناب‌عالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری که آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جداً جانبداری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید» [۲۲۹] .
اولین رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام
در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام خمینی در پاسخ به نامه‌ی سران کشور (از جمله آیت‌الله خامنه‌ای)، در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند[۲۳۰] . بر این اساس، آیت‌الله خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص قرار گرفتند[۲۳۱] . ایشان این سمت را تا پایان دوره ریاست جمهوری عهده‌دار بود[۲۳۲] .
آیت‌الله خامنه‌ای در دوران هشت‌ساله‌ی ریاست جمهوری خود، همچون سالهای پس از پیروزی انقلاب یکی از نزدیکان، مشاوران و افراد مورد وثوق امام خمینی بود. به همین دلیل در موارد متعددی امام خمینی مأموریتهایی فراتر از وظایف ریاست جمهوری به ایشان محول نمودند و یا پیشنهادهای وی را در موضوعات مختلف پذیرفتند. در ۱۵ فروردین ۱۳۶۲ تمشیت امور ارتش و سپاه را به آیت‌الله خامنه‌ای واگذار کردند[۲۳۳] . در اول آبان ۱۳۶۲ ایشان را مأمور پیگیری مطالبات ایران از امریکا و سایر کشورها کرد[۲۳۴] . در اول آذر همین سال با پیشنهاد آیت‌الله خامنه‌ای در مورد تشکیل اداره‌ی حفاظت اطلاعات ارتش موافقت نمود[۲۳۵] . در ۹ دی ۱۳۶۲ ایشان را مأمور بررسی مجدد لایحه‌ی تعریزات کرد[۲۳۶] . امام در ۲۳ بهمن ۱۳۶۷ آیت‌الله خامنه‌ای را مأمور نمود از اعضای شورای‌عالی قضایی دعوت کند تا در جلسه‌ی سران سه‌قوه شرکت کرده و طرحهای خود را در زمینه‌ی تقسیم کار برای اداره‌ی بهتر آن شورا مطرح نمایند[۲۳۷] . در نهایت نیز با طرح مورد بررسی در جلسه‌ی سران سه‌قوه موافقت نمود[۲۳۸] . در ۱۹ اسفند ۱۳۶۷ نیز در نامهای او را مسئول رسیدگی به مشکلات عراقیهای مقیم ایران کرد[۲۳۹] .
حضور در شورای بازنگری قانون اساسی
امام خمینی در حکمی در ۴ اردیبهشت ۱۳۶۸ خطاب به حضرت آیت‌الله خامنه‌ای هیئتی متشکل از بیست نفر از جمله آیت‌الله خامنه‌ای را تعیین نمودند تا به همراه پنج نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی، شورای بازنگری قانون اساسی را تشکیل داده و به اصلاح، بازنگری و تکمیل قانون اساسی در موضوعات پنج‌گانه بپردازند[۲۴۰] . پس از تشکیل شورای مذکور آیت‌الله مشکینی به عنوان رئیس و آیت‌الله خامنه‌ای و اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان نایب رئیس اول و دوم شورا انتخاب شدند[۲۴۱] . شورا در طول چهل و یک جلسه در مورد پنج موضوع اصلی: شرایط رهبری، تمرکز در قوای مجریه و قضائیه، تمرکز در مدیریت صدا و سیما، چگونگی بازنگری احتمالی قانون اساسی در آینده و تعداد نمایندگان مجلس شورای اسلامی بحث و بررسی و تصمیم‌گیری نمود[۲۴۲] . این جلسات تا پس از رحلت امام خمینی ادامه داشت.