استاد ما (دام ‌ظله) در زادگاه خود پرورش یافت و دروس ابتدایی و مقدمات را همان جا فرا گرفت. وی در پنج ‌سالگی به  فراگیری قرآن پرداخت و پس از آن به یادگیرد خواندن و نوشتن و دروس ابتدایی، به مدرسه دار التعلیم دینی رفت و همزمان با تحصیل در آن مدرسه، هنر خوشنویسی را نزد استادش «میرزا علی آقای ناظم» آموخت.

در نخستین ماه‌های سال 1360 هجری قمری با راهنمایی پدر بزرگوارش به فراگیری مقدمات علوم حوزوی پرداخت و شماری از کتاب‌های ادبی مانند شرح الفیه سیوطی، مغنی ابن‌ هشام، مطوّل تفتازانی، مقامات حریری، و شرح نظام را نزد مرحوم ادیب نیشابوری و دیگر استادان فن خواند و شرح لمعه و قوانین را از مرحوم سید احمد مدرّس یزدی معروف به «نهنگ» فرا گرفت. تعدادی از کتب سطوح عالیه همچون مکاسب و رسائل و کفایه را از آیت‌ الله میرزا هاشم قزوینی آموخت و چند کتاب فلسفی مانند شرح منظومه سبزواری وشرح حکمة‌ الاشراق و اسفار را در محضر مرحوم ایسی خواند. شوارق‌ الالهام را از شیخ مجتبی قزوینی فرا گرفت و برای تحصیل معارف وحیانی در حوزه درس مرحوم آیت ‌الله میرزا مهدی اصفهانی (متوفای اواخر سال 1365 هجری قمری) حاضر شد. وی همچنین در حوزه درس خارج میرزا مهدی آشتیانی صاحب تعلیقه بر شرح منظومه و مرحوم آیت ‌الله میرزا هاشم قزوینی (قدس‌ سرهما) حضور یافت.

ایشان در اواخر سال 1368 هجری قمری راهی حوزه علمیه شهر مقدس قم شد و در بحث‌های خارج فقه و اصول مرجع بزرگوار آیت‌ الله سید حسین طباطبائی بروجردی (قدس سرّه) شرکت نمودند و بسیاری از مهارت‌های فقهی و دیدگاه‌های رجالی و حدیثی را از ایشان فرا گرفتند وافزون بر این، از حوزه درس فقیه بزرگوار سید محمد حجت کوه ‌کمره‌ای (قدس سره) نیز بهره فراوان بردند.

در سال‌های اقامت در قم، با مرحوم علاّمه سید علی بهبهانی عالم معروف شهر اهواز که از پیروان مکتب فقهی محقق تهرانی بود، پیرامون برخی از مسائل قبله ‌شناسی، نامه‌نگاری‌هایی انجام داد و در نامه‌ های خود، به رغم دفاع سید بهبهانی از دیدگاه‌های محقق تهرانی، برخی از دیدگاه‌های وی را به نقد کشید. این مکاتبات تا آن ‌جا ادامه یافت که مرحوم سید بهبهانی طی نامه‌ای در 7 رجب 1370 هجری قمری، به حضرت استاد (دام ‌ظله) که در آن تاریخ جوانی بیست‌ ویک ساله بود نوشت و در آن مهارت علمی وی را با تعبیر «عمدة العلماء المحققین و نخبة الفقهاء المدققین» ستود و ادامه بحث در خصوص موضوع قبله را به دیدار حضوری با ایشان در هنگام تشرّف به زیارت امام رضا (علیه‌ السلام) موکول کرد.

اجازة آیة الله السید علی البهبهانی

در اوایل سال 1371 هجری قمری حضرت استاد (دام ‌ظله) شهر مقدّس قم را به قصد اقامت در نجف اشرف کانون علم و فضیلت حوزه‌های علمیه  ترک کرد. ایشان سالگرد اربعین امام حسین(علیه‌ السلام) را در کربلا ماندند و آن‌گاه راهی نجف شدند و در مدرسه علمیه بخارائی اقامت گزیدند. در نجف اشرف، حوزه درس فقه و اصول دو تن از بزرگان یعنی آیت ‌الله سید ابو القاسم موسوی خوئی (قدس ‌سره) و شیخ حسین حلّی (قدس ‌سره) را درک کردند و زمانی طولانی را در محضر ایشان گذراند و در همان ایام، از مباحث برخی دیگر از سرشناسان حوزه از جمله مرحوم آیت الله حکیم (قدس ‌سره) و مرحوم آیت الله شاهرودی (قدس ‌سره) نیز بهره برد.

هوشمندی علمی
آیت ‌الله سیستانی (دام‌ ظله) در حلقه درس استادان خویش، با طرح اشکالات قوی، درک سریع مطلب، تحقیق و تتبّع بسیار و تلاش پیگیر علمی و آگاهی از دیدگاه‌های گوناگون در زمینه‌های مختلف علوم حوزوی، درخششی چشمگیر یافت . گواه این مطلب آن است که ایشان در سال 1380 هجری قمری در حالی که سی‌ ویک ساله بود، موفق به دریافت گواهی اجتهاد مطلق از سوی دو استاد خود یعنی آیت ‌الله خوئی (قدس‌ سره) و شیخ حسین حلّی (قدس‌ سره) شد. این در حالی بود که از یک سو، آیت ‌الله خوئی، جز برای اندکی از شاگردان خود هرگز چنین اجازه‌ای صادر نفرموده است که یکی از آن‌ها آیت ‌الله سیستانی و دیگری مرحوم آیت ‌الله میرزا علی فلسفی از علمای مشهد مقدس بوده و از سوی دیگر تنها کسی که موفق به دریافت اجازه اجتهاد مطلق از شیخ حسین حلّی شده ، حضرت آیت‌ الله سیستانی است.

علامه شیخ آقا بزرگ تهرانی (قدس‌ سره) استاد محدثان روزگار خویش نیز در نوشته ای به تاریخ 1380 هجری قمری ، مهارت و توانمندی ایشان در علم رجال و حدیث را گواهی کرده است.
شیوه‌های بحث و تدریس :
درس و بحث حضرت آیت ‌الله با سبک تدریس بسیاری از استادان حوزه و صاحبان کرسی درس خارج متفاوت است.

در زمینه بحث‌های اصولی باید به این ویژگی‌های حوزه ایشان اشاره کرد:

1ـ سخن از پیشینه تاریخی مباحث و آشنایی با ریشه‌های آن : چندان که گاه مانند مسأله «بسیط و مرکب بودن مشتق» باید پس‌زمینه‌های آن را در مسائل فلسفی جست‌وجو کرد، و گاه مانند بحث «تعادل و تراجیح» باید با چالش‌های عقیدتی و سیاسی آشنا بود. استاد در مبحث یادشده چنین تبیین فرموده‌اند که ماجرای اختلاف احادیث ناشی از کشمکش‌های عقیدتی و فکری آن روزگار و شرایط سیاسی حاکم بر دوران زندگانی ائمه (علیهم‌ السلام) بوده است؛ از این رو، روشن است که آگاهی از پیشینه مباحث ، بر زوایای این مسائل پرتو خواهد افکند و ما را با واقعیت دیدگاه‌های مختلف آشنا خواهد کرد.

2ـ پیوند میان دیدگاه‌های حوزوی و اندیشه‌های معاصر: ایشان در بحث خود پیرامون «معنای حرفی» و در بیان فرق میان «معنای حرفی» و «معنای اسمی» و این که آیا این تفاوت ذاتی است یا اعتباری؟ رویکرد صاحب‌ کفایه مبنی بر اعتباری و لحاظی بودن تفاوت را برگزیده‌اند، اما بنیاد این گزاره را بریک انگاره نوین فلسفی که عبارت از تکثر ادراکی در فعالیت و خلاقیت ذهن آدمی است گذاشته‌اند که می‌گوید اندیشه انسان در آنِ واحد می‌تواند یک مطلب را به دو شکل تصور کند: یک بار به صورت «استقلالی» و «به ‌وضوح» که از آن تعبیر به «اسم» می‌شود و یک بار به شکل «آلی» و «در خفا» که آن را «حرف» می‌نامند.

ایشان با ورود به بحث «مشتق» و سخن از کشمکش میان علما در معنای اسم زمان ، «زمان» را با نگاه فلسفی نوینی مطرح کردند که عبارت از انتزاع زمان از مکان (= زمکان) همانند انتزاع مفهوم روز و شب از تعاقب نور و ظلمت است.

در مبحث «مدلول صیغه و ماده امر» و بحث از«تجرّی» نیز به نظریه برخی از جامعه‌ شناسان مبنی بر تقسیم «طلب» به «فرمایش» و «خواهش» و «پرسش» پرداختند که بسته به حقیقت درخواست «خواهان» و ویژگی وی از جهت «فرادستی» ، «برابری» یا «فرودستی» نسبت به طرف مقابل تفاوت می‌کند.

ایشان همچنین معیار مجازات و عنوان سرکشی «عبد» و سرپیچی وی از دستور «مولا» را مبتنی بر تقسیم‌ بندی طبقاتی جوامع کهن بشری دانسته‌اند که در آن جوامع عناوینی مثل «مولا و عبد» و «فرادست و فرودست» و لایه‌هایی اجتماعی از این دست وجود داشته است؛ بنابر این، به نظر ایشان، دیدگاه یادشده را باید از اندیشه‌های بازمانده از فرهنگ‌هایی باستانی دانست که با زبان حقوقی مبتنی بر منافع همگانی بشر بیگانه است و با زبان طبقاتی سخن می‌گویند.

3ـ اهتمام به بحث‌های اصولی کاربردی در فقه؛ طلاب حوزه علمیه با علمای بسیاری روبه ‌رو هستند که گاه چنان در بحث‌های اصولی فرو می‌روند که تنها مایه فرسایش اندیشه و فکر است و فقیه را در روند فقاهت وی هیچ بهره‌ای نمی‌ افزاید. از این شمار مباحث باید به مبحث «وضع» و اعتباری یا تکوینی بودن آن ، و این که آیا «حقیقت وضع» بر مبنای «تعهد» است یا «تخصیص»، و بحث‌های مربوط به موضوع علم و تعریف فلاسفه از عوارض ذاتی علم و مباحثی از این قبیل یاد کرد.

در برابر این رویکرد فراگیر، هر که در درس‌های حضرت استاد (دام‌ ظله) بنگرد، خواهد دید که ایشان به مباحث اصولی کاربردی در استنباط ، نظیر مباحث «اصول عملیه» و«تعادل و تراجیح» و «عام و خاص» تمام تلاش خود را چنان به کار می‌بندند که پایه‌های علمی استواری برای آن بنا کنند. اما در بحث‌های دیگر از آن قبیل که نام بردیم، تنها به همان اندازه که در دیگر مباحث علمی سودمند افتد یا ثمره‌ای در فقه داشته باشد، بسنده می‌کنند.

4ـ نوآوری و ابتکار:بسیاری از استادان توانمند حوزه از روحیه نوآوری بی‌بهره‌اند و تمام تلاش خود را به حاشیه‌ نویسی بر آثار دیگران معطوف می‌ دارند و به جای پرداختن به جوهر و درونمایه مباحث، تنها به زیباسازی ظاهر آن می‌کوشند، بدین گونه که نخست آرا و دیدگاه‌های موجود را بیان می‌کنند، سپس بر پاره‌ای از آن‌ها حاشیه می‌زنند و سرانجام نظری را که به باور خودشان درست‌تر است، انتخاب می‌کنند، روش حضرت استاد اما از نوعی دیگر است. ایشان می‌کوشد تا متناسب با نیاز بحث، مطلب را در قالب جدیدی ارائه دهند، مثلاً در بحث از «استعمال لفظ در چند معنا»، که اصولی‌ها آن را به عنوان یک گزاره بی‌ثمر عقلی فلسفی، از نگاه «امکان و استحاله» به بحث می‌کشند، حضرت استاد آن را از نگاه «وقوع و عدم وقوع» که قوی‌ترین دلیل امکان است، یا از جهت «ظهور یا عدم ظهور لفظ در چند معنا»مطرح نموده است.

ایشان در هنگام بحث از «تعادل و تراجیح» ، بر این باور است که راز و رمز آن در زمینه‌های اختلاف میان احادیث نهفته است ، پس وقتی وارد بحث شدیم و زمینه‌های اختلاف نصوص شرعی را جست‌ وجو کردیم، مسأله دشواری که ذهن فقیهان و هر محقق و پژوهشگر نصوص اهل بیت (علیهم‌ السلام) را به خود مشغول کرده است حل می‌شود و دیگر نیازی نمی‌ماند که همانند صاحب کفایه روایات ترجیح و تخییر را حمل بر استحباب کنیم.

این بحث را البته دیگران نیز به گونه عقلی صِرف مطرح کرده‌اند، اما حضرت استاد آن را با شواهد تاریخی و حدیثی فراوانی در آمیخته و از لابلای آن، قواعد مهمی را برای حل اختلاف احادیث بیرون آورده و از همان قواعد در مباحث فقهی خود سود جسته‌اند.

5ـ بررسی تطبیقی مکاتب :در میان اساتید معروف است که بحث‌های علمی خود را تنها در مرزهای یک مکتب یا یک گرایش خاص به پیش می‌برند ، اما آیت ‌الله سیستانی مباحث خود را همواره با اندیشه‌های مکتب مشهد و افکار مکتب قم و دیدگاه‌های مکتب نجف اشرف تطبیق داده، از یک سو آرای عالم مشهد مرحوم میرزا مهدی اصفهانی (قدس ‌سره) را مطرح کرده، از سوی دیگر نظریات آیت ‌الله بروجردی (قدس‌ سره) را به مثابه زبان گویای مکتب قم متعرّض شده اند و سرانجام دیدگاه‌های آیت ‌الله خوئی (قدس‌ سره) و شیخ حسین حلّی (قدس‌ سره) را به عنوان نظریه‌ پردازان مکتب نجف اشرف به میان کشیده است. این گرایش چند وجهی گوشه‌هایی تازه از بحث را در برابر ما می‌ گشاید و دیدگاه روشن و نمایانی از واقعیت‌ های علمی را پیش روی ما می‌نهد.

در خصوص روش فقهی نیز معظم‌ له سبک ویژه‌ای را دنبال می‌کند که درس و بحث فقه ایشان را از دیگران متمایز می‌سازد. این روش از ویژگی‌های زیر برخوردار است:

1ـ مقایسه تطبیقی میان فقه شیعه و فقه دیگر مذاهب اسلامی : زیرا آگاهی از تفکرات فقهی اهل ‌سنت در زمان صدور فتوا، همانند اطلاع از موطّأ مالک و فتاوی ابو یوسف و آرای دیگر فقهای ایشان، اهداف ائمه (علیهم‌ السلام) و دیدگاه‌های پیشوایان شیعه از صدور احکام را نمایان می‌سازد.

2ـ بهره‌ گیری از علم حقوق در برخی از موارد فقهی :مانند مراجعه به قانون اساسی عراق و مصر و فرانسه به هنگام طرح مباحث مربوط در کتاب‌های بیع و خیارات. روشن است که آگاهی گسترده از دیدگاه‌های حقوقی معاصر، انسان را از مهارتی حقوقی برخوردار می‌کند که در پرتو آن می‌تواند قواعد فقهی را تحلیل کند و مدارک و مستندات و موارد اجرایی آن را توسعه بخشد.

3ـ نظریه‌ پردازی‌ های نو گرایانه : بیشتر علمای سرشناس ما به پاره‌ای از قواعد فقهی با همان ساختاری که پیشینیان مطرح کرده‌اند می‌نگرند و جز پیرامون صحت و سقم اسناد آن، و بود و نبود مدارک و مستندات دیگر درباره آن، چیزی بر آن نمی‌ افزایند، اما آیت‌ الله سیستانی همواره می‌کوشد تا ساختار برخی از قواعد فقهی را ترقی بخشد ، به عنوان نمونه ، در خصوص «قاعده الزام» که برخی از فقها از جهت مصلحت به آن نظر می‌کنند، بدین معنا که مسلمان مؤمن می‌تواند در تحقق شماری از خواسته‌ های شخصی خویش ، به بعضی از قوانین دیگر مذاهب استناد کند ، هر چند مورد تأیید مذهب خودش نباشد، آیت‌ الله سیستانی آن را بر پایه احترام مطرح می‌کند و به همین اعتبار یعنی حرمت دادن به دیدگاه‌ها و قوانین دیگران و از رهگذر آزادی اندیشه ، آن را «قاعده احترام» می‌نامد. بر این اساس، قاعده‌های «هر قومی آیین ازدواج خود را دارند»، و «ازدواج مشرکان با یکدیگر جایز است» در همین راستا می‌گنجد.

در خصوص قاعده «تزاحم» نیز که فقها و اصولیان آن را به سان قاعده‌ای عقلی یا عقلایی صِرف مطرح می‌کنند، حضرت استاد آن را ذیل قاعده «اضطرار» می‌شمارند که قاعده‌ای است شرعی و نصوصی همچون « چیزی نیست که خدا آن را حرام کرده باشد، مگر آن که به دلیل اضطرار آن را حلال کرده است» بر آن دلالت دارد ، اما این نکته را بر آن می‌ فزایند که مفهوم دو قاعده «اضطرار» و «تزاحم» تنها با انضمام عنصری به نام «متمم جعل تطبیقی» به هم نزدیک می‌شوند.

ایشان گاه قاعده‌ای را توسعه می‌دهند و مثلاً در قاعده «لاتُعاد» که فقها آن را به دلیل وارد شدن نص خاص ، مختص نماز می‌دانند ، صدر روایت را که دربردارنده قول حضرت با عبارت «لا تعاد الصلاة الا من خمسة» است، تنها یک مصداق برای کبرایی دیگر می‌شمارند که در ذیل متن یادشده آمده و حضرت فرموده‌اند: «و لاتنقض السنة الفریضة». بنابراین قاعده فوق ، افزون بر نماز، دیگر واجبات را نیز شامل می‌شود. از این رو، معیار تقدیم فریضه بر سنت است، خواه در نماز باشد یا دیگر واجبات، و از مصداق‌های آن می‌توان به تقدیم وقت و قبله بردیگر اجزا و شرایط استحبابی نماز اشاره کرد، زیرا وقت و قبله از واجبات هستند.

4ـ نگرش اجتماعی به متون : فقهایی هستند که تنها به حروف و الفاظ بسنده می‌کنند ،بدین معنا که بدون هیچ تلاشی برای گسترده کردن دلالت‌های متن، خود را در مرزهای الفاظ نص نگه می‌دارند، اما در برابر این دسته، فقیهانی نیز با در نظر گرفتن فضا و شرایط پیرامونیِ متن، به شناخت دیگر اوضاع تأثیرگذار در دلالت نصوص می‌پردازند، به عنوان مثال، در رویارویی با این روایت که رسول‌خدا (صلی‌ الله‌ علیه‌ وآله) در روز خیبر، خوردن گوشت الاغ را تحریم کرد، اگر به فهم تحت‌ اللفظی بسنده کنیم باید قائل به حرمت یا کراهت خوردن گوشت الاغ شویم، اما اگر از نگرشی اجتماعی پیروی کنیم، خواهیم دید که متن یادشده به شرایط دشوار نبرد با یهود خیبر نظر دارد، زیراهر جنگی نیازمند ابزاری برای حمل اسلحه و جنگ‌ افزار است، و در آن دوران هم برای این کار وسیله‌ ای جز چهار پایان و از جمله الاغ نبوده است . بنابراین، حکم یادشده یک نهی حکومتی و مدیریتی و تنها برای رعایت مصلحت در یک موضوع خاص بوده است که شرایط آن زمان اقتضای آن را داشته و نمی‌توان تشریع حرمت یا کراهت را از آن استفاده کرد. حضرت استاد در برخورد با متون، شیوه دوم را برگزیده است.

5ـ آگاهی از مقدمات استنباط : آیت ‌الله سیستانی همواره بر این نکته تأکید دارد که هیچ فقیهی جز با آگاهی گسترده از زبان عربی و ادبیات و شعر و آرایه‌های ادبی عرب به مفهوم کامل فقاهت دست نخواهد یافت، و تنها از این راه است که می‌تواند به جای تشخیص موردی، به تشخیص ظهور موضوعی نص نایل شود. ایشان بر این باور است که فقیه باید دامنه اطلاعات خود از فرهنگنامه‌های زبان عرب و فضای زندگی نویسندگان آن‌ها و سبک نگارش آنان را گسترش دهد و بداند که این امر در استناد یا عدم استناد وی بر سخن زبان‌ شناسان و لغویان دخالت دارد. به اعتقاد ایشان، یک فقیه احاطه‌ای تفصیلی به احادیث اهل‌ بیت (علیهم ‌السلام) و راویان داشته باشد، زیرا برای هر مجتهدی، در راستای کسب اطمینان کامل از صلاحیت مستندات استنباط فقهی خود ، علم رجال یکی از ضروریات به شمار می‌آید. معظم‌ له در این زمینه دیدگاه‌های ویژه‌ای، ناهمسو با نظریات مشهور معاصر دارد ، به عنوان نمونه معروف است که حضرت استاد در مورد انتساب کتاب ابن غضائری به وی تردیدهای ناروا به دلیل نکوهش‌های  فراوان را نکوهیده‌ اند، و کتاب منسوب به او را ازآنِ وی دانسته و یادآور شده‌اند که در مقام جرح و تعدیل، بیش از نجاشی و شیخ و امثال آن‌ها می‌توان بر ابن‌غضائری اعتماد کرد. ایشان همچنین در تشخیص راوی و توثیق او وشناخت مسند یا مرسل بودن احادیث وی، همانند آیت ‌الله بروجردی (قدس‌ سره) از روش طبقه‌ بندی رُوات پیروی می‌کند.

استاد شناخت کتاب‌های حدیثی و اختلاف نسخه‌ها و آشنایی با چگونگی ثبت و ضبط مؤلفان و سبک‌های تألیفی آنان را ضروری می‌ دانند و این ادعا را که صدوق در ضبط احادیث دقیق‌ تر از شیخ طوسی عمل کرده است، قبول ندارند، بلکه به گواهی قرینه‌ های موجود ، شیخ را در نقل از کتاب‌هایی که نزد وی بوده است، بازگو کننده‌ای امانت‌ دار می‌ شمارند.

نکات که گذشت از مسائلی است که بسیاری از فقها در مقام استنباط آن را نادیده گرفته، و برخی از آنان بی‌توجه به گردآوری قرائن مختلف برای تشخیص ظهور موضوعی، به ظهور موردی بسنده کرده، و چه بسا بدون پژوهش در باره مؤلفان و سبک‌ نگارشی آنان، با نقل سخن زبان ‌شناسان به آن تکیه نموده اند وپاره‌ای از ایشان نیز از زمینه‌ های شناخت نسبت به علم رجال و آگاهی از کتاب‌های آنان بهره چندانی ندارند.