دروان ریاست جمهوری امام خامنه ای
دور اول – انتخاب به عنوان ریاست جمهوری با ۹۵ درصد آرا
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروه‌ها و شخصیت‌های مختلف از ریاست جمهوری ایشان حمایت کردند. از مهم‌ترین حامیان آیت‌الله خامنه‌ای ائتلاف گروههای خط امام بود[۲۰۳] . انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (۱۱/۹۵ درصد) به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد[۲۰۴] . در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ امام خمینی حکم ریاست جمهوری ایشان را تنفیذ کرد[۲۰۵] و در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد[۲۰۶] .
در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ علی‌اکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد[۲۰۷] ، ولی وی در رأی‌گیری روز ۳۰ مهر ۱۳۶۰ نتوانست آرای اکثریت نمایندگان را کسب نماید[۲۰۸] . در ۴ آبان ۱۳۶۰ میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامه‌ی جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجه‌ی دولتهای رجایی، باهنر و مهدوی کنی[۲۰۹] بود به عنوان نخست‌وزیر به مجلس معرفی کرد[۲۱۰] . او توانست در ۶ آبان ۱۳۶۰ آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند[۲۱۱] .
آیت‌الله خامنه‌ای ریاست جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که نهاد ریاست جمهوری از ساختار مناسبی برخوردار نبود. گروههای مشاور و کارگروهها برای کمک به رئیس‌جمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس‌جمهور پدید می‌آورد. به تدریج، دفتر ریاست جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت[۲۱۲] . آیت‌الله خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاشهای خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس جمهور و نهاد ریاست جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس جمهور که کاستی آن به‌ویژه در تعامل با نخست‌وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید[۲۱۳] .
سرفصل برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای در دوره‌ی چهارساله‌ی اول ریاست جمهوری عبارت از: اهتمام به امور مربوط به جنگ تحمیلی، نیل به سیاستهای اقتصادی به سوی حمایت از مستضعفان و دورافتادگان از مرکز، طاغوت‌زدایی از همه‌ی شئون زندگی اداری، اجتماعی و سیاسی مردم ایران، کشف و به کارگیری استعدادهای انسانی در همه‌ی عرصه‌ها از تکنیک تا هنر، تأمین امنیت اجتماعی، اداری و قضایی برای ارائه‌ی خدمت مؤثر به مردم، تأمین امنیت و آزادی همه‌ی افراد وفادار به نظام جمهوری اسلامی با هر اندیشه و تفکر[۲۱۴] . در دوره‌ی چهارساله‌ی دوم نیز ضمن ادامه‌ی برنامه‌های دوره‌ی اول که در رأس آنها جنگ تحمیلی قرار داشت، تدوین لایحه‌ی اختیارات ریاست جمهوری، کاهش تصدی‌گری دولت و واگذاری امور به مردم، به کار گماردن مسئولین لایق، انقلابی و کارآمد در دولت، رفع فقر مزمن و طولانی‌مدت حاکم بر جامعه و زندگی مردم، واگذاری زمینهای کشاورزی به مردم، واگذاری صنایع دولتی به بخش تعاونی، سهیم‌شدن کارگران در کارخانه‌ها، گسترش و توسعه‌ی صادرات غیرنفتی و کاهش اتکای کشور به درآمد نفت، مشارکت مردم در امور اقتصادی و فرهنگی کشور با نظارت دولت، سوق دادن سیاست فرهنگی کشور به سوی استقلال فرهنگی از اهم برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای بود[۲۱۵] .
در عرصه‌ی سیاست و روابط خارجی برنامه‌ی ایشان شامل اتخاذ سیاست مستقل و متوازن در قبال هر یک از کشورهای جهان و تصمیم‌گیری برمبنای مصالح نظام و کشور همراه با قاطعیت و صراحت، عدم وابستگی به شرق و غرب[۲۱۶] ، اهمیت دادن به وحدت میان مسلمانان جهان، اهتمام جدی در بازپس گرفتن حقوق مسلمانان جهان از قدرتهای جهانی و مبارزه‌ی مستمر با هرگونه اقدام و حرکتی در جهت سلطه‌ی ابرقدرتها در منطقه، اهتمام جدی به مسئله‌ی قدس و دیگر سرزمینهای غصب‌شده‌ی فلسطین و آمادگی برای مبارزه‌ی همه‌جانبه با دشمن صهیونیست، بازگشت به فرهنگ غنی و اصیل اسلامی در عرصه‌ی بین‌المللی به عنوان سد راه دشمنان و غارتگران، افزایش فعالیت و حضور مؤثر در صحنه‌های بین‌المللی بود[۲۱۷].
دوره‌ی دوم ریاست جمهوری
باتوجه به تجربه مشکلات و اختلاف‌نظرها با نخست‌وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست جمهوری مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی ایشان دانستند، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت[۲۱۸] .
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس‌جمهور، و در آستانه‌ی انتخاب نخست‌وزیر آنگاه که معلوم شد آیت‌الله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخست‌وزیر درصدد معرفی فرد دیگری برای نخست‌وزیری است برخی نظامی‌ها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست‌وزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفتند و به آیت‌الله خامنه‌ای حکم کردند که مهندس موسوی را به عنوان نخست‌وزیر معرفی کند. آیت‌الله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و علیرغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد[۲۱۹] . در دوره‌ی دوم ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای اختلافات رئیس جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
۱.۳.۳. فعالیتهای سیاسی و فرهنگی در دوران ریاست جمهوری
ترمیم تشکیلات انقلاب فرهنگی
در ۸ شهریور ۱۳۶۲ آیت‌الله خامنه‌ای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس حکم امام خمینی عهده‌دار شد. امام این حکم را در پاسخ به استعلام ایشان به مناسبت بازگشایی دانشگاهها صادر کرد[۲۲۰] . همچنین، دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام امام خمینی در ۱۹ آذر ۱۳۶۳، صورت داد[۲۲۱] . در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد و رئیس‌جمهور رئیس این شورا شد[۲۲۲] . آیت‌الله خامنه‌ای این سمت را تا پایان دومین دوره‌ی ریاست جمهوری خود در تیر ۱۳۶۸ عهده‌دار بود و در این سالها در تدوین سیاستهای مهم فرهنگی کشور نقش مؤثری ایفا نمود[۲۲۳] .
فعال کردن دستگاه سیاست خارجی
در دوران هشت ساله‌ی ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای دستگاه سیاست خارجی و دیپلماسی ایران فعالتر شد. یکی از شاخصهای توسعه‌ی سیاست و روابط خارجی، سفرهای رئیس‌جمهور به کشورهای مختلف برای توسعه روابط بود که در دوره‌ی اول ریاست جمهوری شروع شد و در دوره‌ی دوم توسعه یافت[۲۲۴] . ایشان در دوره‌ی اول ریاست جمهوری از ۱۵ تا ۲۰ شهریور ۱۳۶۳ به کشورهای سوریه، لیبی و الجزایر و در دوره‌ی دوم از ۲۳ دی تا ۳ بهمن ۱۳۶۴ به کشورهای آسیایی و آفریقایی پاکستان، تانزانیا، زیمبابوه، آنگولا و موزامبیک سفر نمود. از ۱۱ تا ۱۵ شهریور ۱۳۶۵ برای شرکت در هشتمین اجلاس سران کشورهای غیرمتعهد در هراره مجدداً به زیمبابوه سفر کرد. در این سفر در اجلاس سران سخنرانی کرد و با برخی از سران کشورهای غیرمتعهد دیدار و گفت‌وگو نمود[۲۲۵] . از ۲ تا ۶ اسفند ۱۳۶۷ به کشورهای یوگسلاوی و رومانی[۲۲۶] و از ۱۹ تا ۲۶ اردیبهشت ۱۳۶۸ به کشورهای چین و کره شمالی سفر کرد[۲۲۷] .
آیت‌الله خامنه‌ای در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ در چهل و دومین اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد شرکت کرد و در سخنرانی خود دیدگاهها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را برای سران دولتهای جهان تشریح نمود. این اولین حضور رئیس جمهور اسلامی ایران در مجمع عمومی سازمان ملل متحد بود[۲۲۸] . نکته‌ی حائز اهمیت در سفر به سازمان ملل، استقبال عظیم ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورک و اصحاب مطبوعات بین‌المللی از ایشان و فعالیتهای ایشان برای تبیین شرایط انقلاب اسلامی، جنگ تحمیلی و سیاستهای استکبار جهانی در قبال ایران بود. امامت نماز جمعه‌ی مسلمانان نیویورک و سخنرانی در خطبه‌های آن نیز از نکات جالب و با اهمیت این سفر بود.
از اقدامات دیگر آیت‌الله خامنه‌ای در زمینه‌ی سیاست خارجی می‌توان به برقراری ارتباط منسجم با گروههای سیاسی شیعی در افغانستان، عراق و لبنان و ایجاد تفاهم بین آنها و تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق اشاره کرد. به طوری که اختلاف بین آنها را به وحدت و اتحاد بر ضد دشمن مشترک‌شان تبدیل کرد. تشکیل حزب وحدت اسلامی از احزاب هشت‌گانه افغانستان که به رقابت زیان‌بار آنها پایان داد و نیز تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق از مصداق‌های مهم این رویکرد است. در این دوره، به دامنه‌ی حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، فلسطین، عراق و افغانستان افزوده شد و پشتیبانی ایران به احزاب و گروههای اسلامی در آن کشورها جایگاه منطقه‌ای و بین‌المللی قابل ملاحظه‌ای بخشید.
بازدیدها، دیدار و سفرهای استانی
دیدار با اقشار مختلف مردم، بازدید از مؤسسات و سازمانهای گوناگون، شرکت در مراسم افتتاح طرحها، شرکت در همایشها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌ها و اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. حفظ ارتباط با مردم به ویژه خانواده‌های شهدا از راهبردهای اساسی آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. بر این پایه ملاقات‌های مردمی ـ در مناسبت‌های مختلف ـ در دیدارهای با خانواده‌های شهدا، خصوصاً سرزدن به منازل آنان به عنوان یکی از برنامه‌های ثابت ایشان و ابتکار قابل توجه در نوع رابطه زمامداران و مردم محسوب می‌شود. همچنین، سفرهای آیت‌الله خامنه‌ای به استانها و مناطق مختلف کشور، با هدف ملاقات با اقشار مختلف مردم، به‌ویژه قشر محروم و آشنایی با مسائل و مشکلات آنها از نزدیک، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهرها و روستاها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن از جمله ابتکارات، فعالیتهای مستمر و مؤثر ایشان بود.
نامه امام خمینی به آیت‌الله خامنه‌ای
در ۱۶ دی ۱۳۶۶، امام خمینی در نامه‌ای به آیت‌الله خامنه‌ای و ناظر به بیانات ایشان در خطبه‌های نماز جمعه‌ی تهران در موضوع حدود اختیارات حکومت اسلامی و ولایت فقیه، حکومت اسلامی را از احکام اولیه‌ی اسلام و مقدم بر تمام احکام فرعیه دانسته و ولایت فقیه را مطلقه عنوان نمود. آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به نامه‌ی امام، متابعت نظری و عملی خود را از دیدگاه امام اعلام نمود. همچنین در جلسه‌ای حضوری، مقصود خود از بیانات در خطبه‌های نماز جمعه را با امام خمینی مطرح کردند. امام خمینی نیز بلافاصله در همان روز به این نامه پاسخ داده و ضمن تقدیر از آیت‌الله خامنه‌ای، در بخشی از آن نوشتند: «اینجانب از سالهای قبل از انقلاب با جناب‌عالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جناب‌عالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری که آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جداً جانبداری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید» [۲۲۹] .
اولین رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام
در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام خمینی در پاسخ به نامه‌ی سران کشور (از جمله آیت‌الله خامنه‌ای)، در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند[۲۳۰] . بر این اساس، آیت‌الله خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص قرار گرفتند[۲۳۱] . ایشان این سمت را تا پایان دوره ریاست جمهوری عهده‌دار بود[۲۳۲] .
محول شدن ماموریت‌های متعدد از سوی امام
آیت‌الله خامنه‌ای در دوران هشت‌ساله‌ی ریاست جمهوری خود، همچون سالهای پس از پیروزی انقلاب یکی از نزدیکان، مشاوران و افراد مورد وثوق امام خمینی بود. به همین دلیل در موارد متعددی امام خمینی مأموریتهایی فراتر از وظایف ریاست جمهوری به ایشان محول نمودند و یا پیشنهادهای وی را در موضوعات مختلف پذیرفتند. در ۱۵ فروردین ۱۳۶۲ تمشیت امور ارتش و سپاه را به آیت‌الله خامنه‌ای واگذار کردند[۲۳۳] . در اول آبان ۱۳۶۲ ایشان را مأمور پیگیری مطالبات ایران از امریکا و سایر کشورها کرد[۲۳۴] . در اول آذر همین سال با پیشنهاد آیت‌الله خامنه‌ای در مورد تشکیل اداره‌ی حفاظت اطلاعات ارتش موافقت نمود[۲۳۵] . در ۹ دی ۱۳۶۲ ایشان را مأمور بررسی مجدد لایحه‌ی تعریزات کرد[۲۳۶] . امام در ۲۳ بهمن ۱۳۶۷ آیت‌الله خامنه‌ای را مأمور نمود از اعضای شورای‌عالی قضایی دعوت کند تا در جلسه‌ی سران سه‌قوه شرکت کرده و طرحهای خود را در زمینه‌ی تقسیم کار برای اداره‌ی بهتر آن شورا مطرح نمایند[۲۳۷] . در نهایت نیز با طرح مورد بررسی در جلسه‌ی سران سه‌قوه موافقت نمود[۲۳۸] . در ۱۹ اسفند ۱۳۶۷ نیز در نامه‌ای او را مسئول رسیدگی به مشکلات عراقیهای مقیم ایران کرد[۲۳۹] .
حضور در شورای بازنگری قانون اساسی
امام خمینی در حکمی در ۴ اردیبهشت ۱۳۶۸ خطاب به حضرت آیت‌الله خامنه‌ای هیئتی متشکل از بیست نفر از جمله آیت‌الله خامنه‌ای را تعیین نمودند تا به همراه پنج نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی، شورای بازنگری قانون اساسی را تشکیل داده و به اصلاح، بازنگری و تکمیل قانون اساسی در موضوعات پنج‌گانه بپردازند[۲۴۰] . پس از تشکیل شورای مذکور آیت‌الله مشکینی به عنوان رئیس و آیت‌الله خامنه‌ای و اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان نایب رئیس اول و دوم شورا انتخاب شدند[۲۴۱] . شورا در طول چهل و یک جلسه در مورد پنج موضوع اصلی: شرایط رهبری، تمرکز در قوای مجریه و قضائیه، تمرکز در مدیریت صدا و سیما، چگونگی بازنگری احتمالی قانون اساسی در آینده و تعداد نمایندگان مجلس شورای اسلامی بحث و بررسی و تصمیم‌گیری نمود[۲۴۲] . این جلسات تا پس از رحلت امام خمینی ادامه داشت.